在合法性审查时发现超期，需根据超期的具体情形、相关法律规定及程序要求，采取相应的纠正或补救措施，以确保审查的合法性和有效性。具体处理方式如下：

1. 确认超期的性质与原因

   • 程序性超期：若超期是由于未在法定期限内完成审查程序（如未在规定时间内出具审查意见、未及时通知相关方等），需立即评估超期对审查合法性的影响。
   • 实体性超期：若超期涉及审查对象本身的期限问题（如行政许可、行政处罚的作出超过法定期限），则需进一步分析该超期是否导致审查对象本身违法或无效。

2. 根据超期性质采取相应措施

   • 程序性超期的纠正：

     • 立即补正：对于程序性超期，应尽快完成未完成的审查程序，如补发审查意见、通知相关方等，并说明超期原因及补正情况。
     • 申请延期：若因特殊原因确实无法在法定期限内完成审查，可依法向有权机关申请延期，并说明延期的理由和期限。

   • 实体性超期的处理：

     • 确认无效或撤销：若审查对象本身因超期而违法或无效（如行政许可超过法定期限未作出，视为不予许可），则需依法确认其无效或予以撤销。
     • 补救措施：对于因超期可能给当事人造成损失的，应评估损失情况，并考虑采取补救措施，如赔偿损失、恢复原状等。但需注意，补救措施的实施需符合法律规定，且不得违反法律原则。

3. 记录与报告

   • 详细记录：对超期情况及其处理过程进行详细记录，包括超期的时间、原因、处理措施及结果等，以备后续查阅和审计。
   • 向上级报告：若超期情况较为严重或涉及重大利益，应及时向上级机关或相关部门报告，说明情况并请求指示或支持。

4. 预防未来超期

   • 完善内部流程：审查机构应完善内部审查流程，明确各环节的时限和责任，确保审查工作按时完成。
   • 加强培训与监督：加强对审查人员的培训，提高其对法定期限的认识和重视程度；同时，加强对审查工作的监督，确保各项时限得到严格遵守。