城市居民在农村违规建房，主要违反了《土地管理法》和《城乡规划法》等相关法律法规，将面临责令退还土地、限期拆除或改正、罚款，甚至刑事责任等处理措施。以下是对此问题的详细分析：
一、主要违反的法律法规
《土地管理法》：该法规定了土地的所有权和使用权，以及土地利用的总体规划。城市居民在农村建房，若未经批准或骗取批准占用农村集体土地，或擅自在农用地或基本农田上建房，均违反了该法的相关规定。
《城乡规划法》：该法规定了城乡规划的制定、实施和修改，以及建设活动的规划管理。城市居民在农村建房，若未取得乡村建设规划许可证或未按其规定建设，即违反了该法的规定。
二、具体处理措施
土地管理角度：
- 责令退还非法占用的土地：县级以上人民政府自然资源主管部门将责令违规者退还非法占用的土地，归还给农村集体经济组织。
- 限期拆除与没收：对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状；若违规建房符合土地利用总体规划但未经合法审批，可能面临建筑物被没收的风险。
- 罚款：对非法占地的城市居民，可处以每平方米100元以上1000元以下的罚款。
城乡规划管理角度：
- 责令停止建设与限期改正：未取得乡村建设规划许可证或未按其规定建设的，乡、镇人民政府将责令停止建设。对于尚可采取改正措施消除影响的，限期改正，并处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款。
- 限期拆除：无法采取改正措施消除影响的，将限期拆除；逾期不拆除的，可依法强制拆除。
其他特殊情况：
- 耕地保护：若违规建房破坏了耕地的种植条件，可能被要求限期改正或治理，并处耕地开垦费的50%以上2倍以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 宅基地问题：城市居民不具备申请农村宅基地的资格。若违规占用宅基地建房，农村集体经济组织有权收回宅基地使用权。
三、补办手续的可能性
在某些情况下，如果违规建筑可以通过改正来符合规定，当事人可以在限期内补办相关手续，使建筑合法化。但这需要当事人积极配合，并按照相关部门的要求进行整改。不过，对于城市居民在农村违规建房的情况，由于主体资格问题，补办手续的可能性通常较低。
四、法律建议
- 遵守法律法规：城市居民应严格遵守国家关于土地管理和城乡规划的法律法规，不得在农村违规建房。
- 咨询专业意见：在涉及土地和规划问题时，建议咨询专业律师或相关法律机构，以确保行为的合法性。
- 积极配合处理：若已违规建房，应积极配合相关部门的处理工作，避免进一步扩大损失。
城市居民在农村违规建房是一个复杂且需严格依法处理的问题。相关部门应根据具体情况，依法采取适当的处理措施，既维护法律的权威性和严肃性，又兼顾社会稳定和当事人的合法权益。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。