结论：保险公司不一定会将全损车辆的赔付款项直接打到汽修店账户，具体取决于您与保险公司、汽修店之间的约定以及相关法律规定。以下分情况详细说明：

1. 若您与保险公司有特别约定
   在保险理赔过程中，若您（车主）与保险公司协商一致，并明确授权保险公司将赔款直接支付给汽修店（例如作为维修费用结算方式），则保险公司可能根据约定将款项打入汽修店账户。但需注意：

   • 授权需以书面形式明确（如理赔申请书、授权委托书），避免口头约定；
     
   • 若赔款涉及车辆残值处理（如全损车辆拍卖款），需在授权中明确款项分配方式。

2. 若您未授权或无特别约定
   根据《保险法》及一般理赔流程，保险公司通常会将赔款支付给被保险人（即车主本人），而非第三方（汽修店）。原因包括：

   • 车主是保险合同的相对方，享有赔款请求权；
     
   • 避免汽修店与车主之间的债务纠纷（如维修费争议）牵连保险公司；
     
   • 防止汽修店虚构维修项目套取保险金。

3. 特殊情形：汽修店代为办理理赔
   若汽修店受您委托代办理赔手续（如提交材料、跟进流程），保险公司仍可能将赔款支付给您，再由您与汽修店结算维修费用。除非您同时签署《赔款支付授权书》，明确同意保险公司直接向汽修店支付。

建议：

• 若您希望保险公司直接向汽修店付款，务必签署书面授权文件，并留存副本；
  
• 若款项已打入汽修店账户，但您与汽修店存在费用纠纷（如维修费高于赔款），可依据《民法典》合同编主张权利；
  
• 全程保留理赔材料（如定损单、维修清单、付款凭证），以备维权使用。
  

如有其他细节需进一步分析（如保险合同条款、汽修店资质等），可直接向我咨询。