员工在以下情况下，公司可以合法扣除工资：

1. 因员工个人原因造成经济损失：

   • 情形：若员工因故意或重大过失给公司造成经济损失，例如违规操作导致设备损坏、工作失误导致公司遭受经济损失等。
   • 扣除标准：公司可以按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失，并从其工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

2. 员工请事假：

   • 情形：员工因个人事务需要请假，并经公司批准。
   • 扣除标准：公司可以根据请假天数相应扣除员工当天的工资数额。例如，员工月工资为5000元，请事假1天，则扣除工资约为5000元/21.75天（月计薪天数）≈229.89元（具体数额可能因公司规定或劳动合同约定而有所不同）。

3. 员工违反公司规章制度：

   • 前提：公司的规章制度必须依法制定，并已向员工公示或告知。
   • 情形：员工违反规章制度，如旷工、迟到早退、违反操作规程等。
   • 扣除标准：若规章制度中明确规定了相应的扣工资标准，公司可按规定执行。但同样需遵循每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准的限制。例如，公司规定旷工一天扣三天工资，但若员工月工资为5000元，扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准，假设当地最低工资为2000元/月，则最多只能扣除3000元（5000元-2000元），而非简单的15000元（5000元/30天*90天，此计算仅为说明限制，实际应按规章制度和劳动合同约定执行）。

4. 代扣代缴相关费用：

   • 情形：公司有权从员工工资中代扣代缴个人所得税、社会保险中应由个人缴纳的部分（如养老保险、医疗保险、失业保险等）以及住房公积金中应由个人缴纳的部分。
   • 扣除标准：按照相关法律法规的规定执行，确保代扣代缴的准确性和合法性。例如，个人所得税根据员工的收入水平和税法规定的税率进行计算和扣除。

5. 因员工本人原因离职造成损失：

   • 情形：员工因个人原因离职，如未提前通知公司擅自离职，导致工作交接不畅、项目延误等，给公司造成损失。
   • 扣除标准：公司可以要求员工赔偿相应损失并从工资中扣除，但扣除标准需遵循上述关于经济损失赔偿的规定，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

6. 其他法定情形：

   • 情形：根据法律、法规规定可以从员工工资中扣除的其他费用，如员工因个人原因需要请假参加培训、考试等，且公司规章制度或劳动合同中有明确规定，公司可以根据实际情况扣除相应天数的工资。
   • 扣除标准：需严格按照法律法规的规定执行，确保扣除行为的合法性和合理性。

重要提示：

• 公司在扣除员工工资时，必须有合法依据和合理程序，不得随意克扣或无故拖欠员工工资。
• 公司在制定规章制度时，应确保内容合法、程序合法，并公示或告知员工，以便员工了解并遵守。
• 在扣除工资时，公司应明确告知员工扣除的原因、标准和依据，以保障员工的知情权和合法权益。

若公司非法扣除工资，员工可以采取以下措施：

• 向公司提出异议，要求公司说明扣除工资的原因和依据，并要求公司补足工资。
• 向当地劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
• 申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的合法权益。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。