有限责任公司干股受益人的确定，主要依据干股的取得方式、相关协议约定以及公司章程规定来综合判断。以下从不同角度详细分析：

1. 基于协议约定确定

   • 干股协议：干股通常是指未实际出资而获得的股份，其受益人的确定首先看是否存在干股协议。如果股东之间或股东与干股受益人之间签订了明确、有效的干股协议，协议中会详细规定干股的份额、受益人的权利义务、收益分配方式等内容。例如，协议约定某员工因对公司有突出贡献，获得公司5%的干股，那么该员工就是这5%干股的受益人，按照协议约定享受相应的分红等权益。
   • 协议的合法性审查：需要注意的是，干股协议必须符合法律法规的强制性规定，不存在欺诈、胁迫等情形，否则可能被认定为无效协议。比如，如果干股协议是通过行贿等非法手段达成的，该协议不受法律保护，干股受益人的身份也就无法得到确认。

2. 依据公司章程规定

   • 公司章程的约束力：公司章程是公司的“宪法”，对公司的股东、董事、监事、高级管理人员等具有约束力。如果公司章程中对干股的取得、受益人的确定等方面有明确规定，那么应按照公司章程的规定来确定干股受益人。例如，公司章程规定，公司每年将净利润的10%作为干股分配给对公司有特殊贡献的员工，那么符合条件的员工就是干股受益人。
   • 章程修改的程序：公司章程的修改需要遵循一定的程序，通常需要经过股东会或股东大会的特别决议通过。如果公司章程中原本没有关于干股的规定，后来通过合法程序修改增加了相关内容，那么修改后的章程对全体股东和公司相关人员具有约束力，应按照新的章程规定确定干股受益人。

3. 参考股东会决议

   • 决议的效力：股东会是公司的权力机构，其作出的决议对公司具有法律效力。如果股东会通过决议，决定授予某人干股，并明确了干股的份额和受益人等相关事项，那么该决议就是确定干股受益人的重要依据。例如，股东会决议授予公司的一位技术骨干3%的干股，那么该技术骨干就是这3%干股的受益人。
   • 决议的合法性：股东会决议必须符合法律法规和公司章程的规定，决议内容不得损害公司、其他股东和债权人的利益。如果股东会决议存在程序违法或内容违法等情形，该决议可能被撤销或认定为无效，从而影响干股受益人的确定。

4. 实际履行情况辅助判断

   • 分红记录等证据：在实际操作中，如果公司长期按照一定的方式向某人分配干股对应的红利，且有相关的财务记录、分红凭证等证据支持，那么即使没有书面的干股协议或公司章程规定，也可以根据实际履行情况来辅助判断该人为干股受益人。例如，公司连续三年按照5%的股份比例向某员工分配红利，且有银行转账记录等证据，那么可以认为该员工是这5%干股的受益人。

在确定有限责任公司干股受益人时，可能会遇到各种复杂的情况和纠纷。如果涉及干股受益人的确定问题，建议收集好相关证据，如干股协议、公司章程、股东会决议、分红记录等，以便在必要时维护自己的合法权益。如果你有具体的干股受益人确定问题，欢迎随时向我咨询。