合作社出资设立的有限公司，其受益人的认定需结合公司治理结构、出资协议及公司章程综合判断，核心在于明确合作社作为股东的权利义务归属及实际受益主体。具体可从以下角度分析：

1. 法律形式层面：合作社作为股东的直接受益人认定

根据《公司法》及合作社相关法规，若合作社以自身名义出资设立有限公司，则合作社本身是有限公司的直接股东，其受益人身份需进一步穿透至合作社内部成员：

• 合作社成员集体受益：合作社作为集体所有制经济组织，其出资收益通常归全体成员共有（除非章程另有约定）。例如，有限公司分红后，合作社可能通过内部决议将收益分配给成员，或用于合作社公共积累。
• 成员个体受益的例外：若合作社章程明确约定“出资收益按成员出资比例分配至个人”，则成员可被认定为间接受益人。但需注意，此类约定需符合合作社民主管理程序（如成员大会表决通过），否则可能因损害集体利益被认定无效。

2. 实际控制层面：隐名股东或代持关系的受益人认定

若合作社出资实际由部分成员或第三方提供（如成员委托合作社代持股权），则需区分名义股东与实际出资人：

• 显名股东为合作社：若工商登记显示合作社为股东，但实际出资由成员完成，且存在书面代持协议，则实际出资人可能被认定为隐名股东，享有投资收益权。但隐名股东需通过确权诉讼或协议约定主张权利，且不得对抗善意第三人。
• 无代持协议的推定：若无明确协议，法院可能依据“谁出资、谁受益”原则，结合出资凭证、合作社内部决议等证据，认定实际出资人为受益人。但若合作社能证明出资来源于集体资金（如公共积累），则仍可能归集体所有。

3. 特殊情形：合作社与有限公司人格混同的受益人认定

若合作社与有限公司存在财产、业务、人员混同（如合作社直接控制有限公司经营、资金混用），可能触发“法人人格否认”制度：

• 合作社成员承担连带责任：在混同情形下，有限公司债务可能被认定为合作社债务，进而由成员承担无限责任。此时，成员虽非直接受益人，但可能因责任承担反向影响收益分配逻辑。
• 受益人范围的扩大：若合作社通过有限公司转移资产、逃避债务，法院可能将合作社成员列为实际受益人，要求返还不当利益。

4. 实务建议：明确权属以避免纠纷

• 完善出资协议与章程：合作社应明确出资性质（集体出资或成员个人出资）、收益分配方式（按成员比例或集体留存），并经成员大会表决通过。
• 避免代持风险：若需代持股权，应签订书面协议并公证，明确权利义务边界，防止因代持人违约引发纠纷。
• 保持法人独立性：合作社与有限公司应严格区分财务、业务，避免混同，否则可能丧失有限责任保护。

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