针对您提出的企业消防未验收投入生产多年的问题，这确实是一个涉及消防安全法律法规的严肃议题。以下是我根据相关法律法规及实际案例，为您提供的详细解答：
一、法律法规依据
根据《中华人民共和国消防法》第十三条第三款的规定：“依法应当进行消防验收的建设工程，未经消防验收或者消防验收不合格的，禁止投入使用。”这一条款明确指出了消防验收是建筑物投入使用前的必要环节，未经消防验收或验收不合格的建筑物，不得擅自投入使用。
二、处罚措施
对于未办理消防验收擅自投入使用的行为，根据《中华人民共和国消防法》第五十八条第一款第(二)项的规定：“违反本法规定，有下列行为之一的，由住房和城乡建设主管部门、消防救援机构按照各自职权责令停止施工、停止使用或者停产停业，并处三万元以上三十万元以下罚款：（二）依法应当进行消防验收的建设工程，未经消防验收或者消防验收不合格，擅自投入使用的。”
这意味着，如果企业未办理消防验收就擅自投入生产多年，一旦被发现，将面临责令停止使用、停产停业，并处以三万元以上三十万元以下的罚款。具体罚款金额会根据违法情节的严重程度、是否造成危害后果等因素由执法部门综合判定。
三、实际案例参考
以您提供的案例为例，惠州市某科技有限公司在未取得消防验收合格意见书前擅自投入使用，进行小批量的生产。尽管该公司后来取得了消防验收合格意见书，且未产生危害后果，但因其违法事实确实存在，且未过行政处罚追溯期限，最终仍被执法部门作出了罚款人民币5万元的行政处罚决定。
四、建议与措施
立即整改：如果您的企业存在未办理消防验收擅自投入使用的情况，我建议您立即停止相关生产活动，并尽快办理消防验收手续。
配合调查：在执法部门进行调查时，企业应积极配合，提供必要的资料和证据，以便执法部门准确判断违法情节和处罚力度。
加强消防安全管理：企业应建立健全消防安全管理制度，定期对消防设施进行检查和维护，确保消防设施始终处于有效运行状态。
提升员工消防安全意识：通过培训和教育，提升员工的消防安全意识和自救能力，确保在紧急情况下能够迅速、有序地疏散撤离。
综上所述，企业消防未验收投入生产多年是严重的违法行为，将面临严厉的行政处罚。因此，我建议您企业务必重视消防安全工作，严格遵守相关法律法规，确保建筑物的消防安全。