针对您提出的“文件非合同、内容虚假但印章真实，以及文件内容真实但印章瑕疵时，法院如何处理”的问题，我将从法律实务的角度，分情况为您详细解答：

1. 文件非合同，内容虚假但印章真实

   • 核心判断：在此类情况下，法院首先会审查文件的性质、目的以及印章使用的合法性。尽管印章真实，但如果文件内容被证实为虚假，且该文件并非合同，那么其法律效力将大打折扣。
   • 处理原则：
     • 印章效力：真实印章的使用通常表明文件出具者的某种意图或确认，但若内容虚假，则印章的效力可能因内容的不真实性而受到影响。
     • 内容真实性：法院将重点审查文件内容的真实性，通过证据链、证人证言、相关交易记录等多方面综合判断。
     • 法律后果：若文件内容虚假，且出具者无法证明其不知情或未参与造假，则可能承担相应的法律责任，如欺诈、伪造证据等。同时，该文件可能因内容虚假而被法院认定为无效或不具备法律效力。

2. 文件内容真实，但印章瑕疵

   • 核心判断：当文件内容真实，但印章存在瑕疵（如印章模糊、印章与备案不符、印章被伪造等）时，法院将更侧重于审查文件内容的真实性和交易双方的实际意图。
   • 处理原则：
     • 内容优先：在内容真实的前提下，印章瑕疵可能不会直接导致文件无效。法院会考虑交易习惯、行业惯例以及双方的实际行为来综合判断文件的效力。
     • 印章瑕疵的审查：法院会要求出具者提供印章使用的相关记录、备案情况等证据，以证明印章瑕疵的原因和性质。若出具者能证明印章瑕疵非因其故意或重大过失造成，且文件内容真实无误，则文件可能仍被认定为有效。
     • 法律后果：若印章瑕疵导致文件效力受到质疑，但出具者能证明文件内容的真实性和交易的合法性，则可能仅需对印章瑕疵进行合理解释或补正，而无需承担其他法律责任。然而，若印章瑕疵与文件内容的虚假性相结合，导致交易双方产生误解或损失，则出具者可能需承担相应的赔偿责任。

综合建议：

• 在处理涉及印章的文件时，务必确保印章的真实性和合法性，避免使用瑕疵印章或伪造印章。
• 同时，应重视文件内容的真实性和准确性，确保文件内容与交易事实相符，避免因内容虚假而引发法律纠纷。
• 若遇到印章或文件内容方面的法律问题，建议及时咨询专业律师，以便得到更具体、更专业的法律建议。

希望以上解答能对您有所帮助。如果您还有其他法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。