合作社通过代持股方式，代持人本身并不直接成为合作社的社员，实际出资人是否被认定为社员需依据具体情况及合作社章程判断。以下从不同角度进行分析：

1. 代持股的法律关系本质
   代持股是指实际出资人与名义股东（代持人）通过协议约定，由名义股东登记为合作社社员，但实际权益归实际出资人所有的法律关系。根据《民法典》第9百二十五条关于隐名代理的规定，若合作社及其他社员明知或应知实际出资人的存在，且未提出异议，实际出资人可能被认定为“实际社员”；但若合作社章程或登记文件明确禁止代持股，或社员资格需以“实际参与经营”为前提，则代持人仍为法律上的社员，实际出资人仅享有合同权益（如分红请求权），不具有社员身份。

2. 合作社章程的优先性
   合作社作为自治组织，其社员资格的认定首先依据章程规定。若章程明确要求社员需“直接持有份额”或“亲自参与管理”，则代持股行为可能因违反章程而被否定，实际出资人无法取得社员身份；反之，若章程未禁止代持股，且实际出资人通过代持人实际行使社员权利（如表决权、分红权），则可能被认定为“事实社员”。

3. 实际出资人的权利保护路径
   即使代持股协议有效，实际出资人仍面临名义股东擅自处分份额、合作社拒绝承认其身份等风险。为保障权益，建议：

   • 在代持股协议中明确约定实际出资人为“实际社员”，并要求合作社及其他社员签字确认；
     
   • 将代持股协议向合作社备案，或通过社员大会决议形式确认实际出资人的地位；
     
   • 在协议中约定名义股东的违约责任（如赔偿损失、返还份额），并设置股权质押等担保措施。

4. 税务与行政合规风险
   若代持股行为被认定为“规避监管”（如合作社成员人数限制、资格审查等），可能面临行政处罚（如责令改正、罚款）。此外，实际出资人通过代持人取得分红时，需注意税务申报义务，避免因“隐名”导致税款流失。

建议：若您是实际出资人，需结合合作社章程、代持股协议内容及当地司法实践，综合判断社员资格的认定可能性；若您是合作社管理者，建议明确章程中关于社员资格的规定，并要求新社员签署《实际出资人声明书》，以规避纠纷。如有具体案例或协议文本，可进一步向我咨询细节。