结论：在工程款纠纷中，一般不可以直接扣车，但可以通过法律途径申请财产保全或强制执行来保障权益。以下从不同角度详细分析：

1. 直接扣车的法律风险

• 非法扣押财产：根据《民法典》及相关法律规定，未经法定程序，任何单位或个人不得非法扣押、查封他人财产。直接扣车可能构成侵权，需承担返还财产、赔偿损失等民事责任，甚至可能面临行政处罚或刑事责任（如构成非法拘禁罪或盗窃罪）。
• 合同约定限制：即使合同中约定了“欠工程款可扣车”的条款，该条款也可能因违反法律强制性规定（如《民法典》第153条）而被认定无效。

2. 合法维权途径

• 协商解决：首先可尝试与对方协商，要求支付工程款或提供担保。协商过程中可固定证据（如欠条、对账单、催款记录等）。
• 申请财产保全：
  • 诉前保全：在提起诉讼前，可向法院申请查封、扣押、冻结对方财产（包括车辆），但需提供担保并证明情况紧急。
  • 诉中保全：在诉讼过程中，可向法院申请财产保全，确保判决后能顺利执行。
• 强制执行：
  • 获得生效判决后，若对方仍不履行，可向法院申请强制执行，法院可依法查封、扣押、拍卖对方财产（包括车辆）以清偿债务。
  • 执行过程中需注意车辆是否已被抵押、查封或存在其他权利限制。

3. 特殊情况处理

• 留置权行使：若符合《民法典》第447条规定的留置权条件（如工程款与车辆存在直接关联，且已合法占有车辆），可依法留置车辆并要求对方支付工程款。但需注意：
  • 留置的财产应与债权属于同一法律关系；
  • 留置后需在合理期限内通知对方履行债务，逾期未履行可依法拍卖、变卖留置财产。
• 自助行为限制：法律对自助行为有严格限制，仅在紧急情况下且无法及时获得公力救济时方可实施，且不得超过必要限度。直接扣车通常不符合自助行为的构成要件。

4. 实务建议

• 证据固定：及时收集、固定工程款欠付证据（如合同、结算单、催款记录等），为后续维权提供依据。
• 法律程序优先：优先通过协商、诉讼或仲裁等法律途径解决纠纷，避免自行扣车引发法律风险。
• 专业协助：工程款纠纷涉及复杂法律问题，建议委托专业律师介入，制定合法、高效的维权策略。

总结：直接扣车存在法律风险，建议通过协商、财产保全或强制执行等合法途径维护权益。如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合案情提供详细法律分析。