摩托车闯红灯时，处罚的是驾驶员，而非车主或车辆本身。这一结论主要基于以下几点法律分析和实际操作流程：

1. 法律责任主体明确：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交通违法行为是针对驾驶行为人的。摩托车闯红灯的行为是由驾驶员主动操作导致的，因此责任主体明确为驾驶员。

2. 处罚依据与标准：

   • 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，将受到警告或二十元以上二百元以下的罚款。对于摩托车闯红灯的具体处罚，通常是罚款200元，并扣驾驶证6分。这一处罚标准直接针对驾驶员，而非车辆或车主。

3. 处罚操作流程：

   • 当交警现场执法发现摩托车闯红灯时，会立即拦截驾驶员，并要求出示相关证件（如驾驶证），随后依据法规开具罚单。
   • 如果是通过电子眼抓拍记录到的闯红灯行为，后续需要驾驶员携带车辆行驶证和本人驾驶证前往交通管理部门处理违章，接受相应的扣分和罚款处罚。这一流程也明确指向了驾驶员作为处罚对象。

4. 特殊情况下的责任划分：

   • 如果车主与驾驶员为同一人，那么处罚自然直接落在车主（即驾驶员）身上。
   • 如果车主将车辆借给他人使用，且驾驶员闯红灯被处罚，车主通常不需要承担责任，除非车主明知驾驶员无驾驶资格或车辆存在安全隐患而仍然出借。这种情况下，车主可能因过错而承担一定的连带责任，但闯红灯的直接处罚对象仍然是驾驶员。

法律建议：

• 作为驾驶员，应严格遵守交通规则，确保自身和他人的安全。闯红灯不仅可能导致罚款和扣分，还可能引发严重的交通事故，甚至构成犯罪。
• 作为车主，如果将车辆借给他人使用，应确保驾驶员具备合法的驾驶资格，并检查车辆是否存在安全隐患。这样可以降低自身因他人违法行为而承担连带责任的风险。

可能后果：

• 如果因闯红灯而发生重大交通事故，驾驶员将依法被追究刑事责任。这强调了遵守交通规则、确保驾驶安全的重要性。

总之，摩托车闯红灯时，处罚的是驾驶员。这一结论不仅符合法律法规的规定，也体现了交通管理的实际操作流程。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。