当营运车辆全责撞了摩托车时，赔偿问题确实需要细致且全面地考虑。以下是根据相关法律法规和实际操作经验，为您整理的详细赔偿指南：

一、明确赔偿范围

1. 摩托车财产损失赔付

   • 车辆维修费用：摩托车因事故受损，需要维修或更换零部件的，责任方（即营运车辆方）应承担全部维修费用，具体金额依据实际维修发票或专业评估报告来确定。
   • 车辆贬值损失：如果事故导致摩托车价值明显降低，经过专业评估机构评估后，责任方应按比例承担这部分贬值损失。
   • 车辆施救费用：如拖车费、紧急维修费等，为减少摩托车损失而采取的必要措施费用，也应由责任方承担。

2. 摩托车营运损失赔付（如适用）

   • 如果摩托车是营运车辆（如快递车、出租车等），因事故导致停运的，责任方还需赔偿停运期间的营运损失。
   • 停运时间计算：从事故发生至摩托车修复完毕并重新投入营运之日止，需扣除不合理延误时间。
   • 营运损失金额：根据事故前一段时间的平均日净营运收入（考虑运营成本）乘以停运天数来计算。

3. 摩托车上人员伤亡赔付

   • 如果事故导致摩托车上人员受伤或死亡，责任方需承担受伤人员的医疗费用、伤残赔偿金、死亡赔偿金等。具体标准依据相关法律法规和司法解释来确定，如医疗费用需凭发票报销，伤残赔偿金和死亡赔偿金则根据受害人的年龄、收入等因素综合计算。

二、遵循赔偿顺序

1. 交强险优先赔偿：首先，由营运车辆的保险公司在机动车第三者责任强制保险（交强险）责任限额范围内予以赔偿。交强险的赔偿范围包括死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿和财产损失赔偿等。

2. 商业三者险补充：如果交强险的赔偿金额不足以覆盖全部损失，那么不足部分将由营运车辆的商业三者险根据保险合同约定在责任限额内进行补足。

3. 责任人自行承担：如果保险赔偿后仍有缺口，或者营运车辆未投保商业三者险，那么剩余赔偿责任将由营运车辆的责任人自行承担。

三、注意事项与操作建议

1. 保留证据至关重要：在处理赔偿事宜时，务必保留好所有相关证据，包括事故责任认定书、维修票据、营运收入流水（如适用）、货物清单（如适用）、租赁协议（如涉及替代性交通工具）等。这些证据将有助于证明损失和划分责任。

2. 积极协商与诉讼准备：首先尝试与营运车辆的责任方或其保险公司进行协商，寻求和解。如果协商无果，应准备好相关证据材料，向法院提起民事诉讼，以维护自身合法权益。

3. 深入了解保险条款：在处理赔偿事宜前，务必深入了解营运车辆的保险条款，明确保险公司的赔偿范围和责任限额。这有助于避免在理赔过程中出现不必要的纠纷。

4. 及时委托专业评估：对于车辆贬值损失、营运损失等争议较大的部分，建议及时委托专业机构进行评估。专业评估机构的报告将更具说服力，有助于确保赔偿金额的合理性。

综上所述，当营运车辆全责撞了摩托车时，赔偿问题需要综合考虑多个方面。在处理过程中，请务必遵循法定的赔偿顺序，注意保留证据，积极协商并准备必要的诉讼措施。同时，深入了解保险条款和及时委托专业评估也是确保自身权益得到充分保障的关键。