招标文件中的合同条款在正式签订合同时，特定条件下是可以修改的，但必须严格遵循法律法规和程序要求。以下是对此问题的详细分析：
一、可修改的情况及程序
招标过程中的修改：
- 招标人有权对招标文件中的合同条款进行必要的澄清或者修改，但必须在规定的时间内以书面形式通知所有获取招标文件的潜在投标人。
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十一条，澄清或修改的内容若可能影响资格预审申请文件或者投标文件编制的，招标人应当在提交资格预审申请文件截止时间至少3日前，或者投标截止时间至少15日前，以书面形式通知；不足3日或者15日的，招标人应当顺延提交资格预审申请文件或者投标文件的截止时间。
非实质性条款的修改：
- 在中标后签订合同时，对于非实质性条款（如文件交付格式、具体工作联络方式等），双方经协商一致可以进行修改。
- 这种修改不得损害其他投标人的权益以及招标的公正性和合法性。例如，在建筑工程招标中，如果双方就施工过程中的一些细节问题，如材料堆放地点、施工时间等非关键性条款达成一致，是可以进行修改的。
双方协商一致的修改：
- 在招标过程中，如果招标人和投标人双方经协商一致，并且这种更改不违反法律法规的强制性规定，可以对合同条款进行更改。更改需以书面形式进行，并确保所有潜在投标人收到更改通知。比如，在货物采购招标中，双方就货物的包装方式、运输方式等条款进行协商并达成一致，是可以进行修改的。
二、不可修改的情况
- 中标后合同签订阶段的实质性条款：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 实质性条款（如合同标的、价款、质量、履行期限等）在中标后是不允许更改的。例如，在工程招标中，如果中标后双方试图修改工程价款、工期等关键性条款，这是不被允许的，否则可能面临法律责任。
三、修改合同条款的注意事项
合法合规：
- 修改合同条款时，必须严格遵守相关法律法规和招标程序的要求，确保修改的合法性和有效性。任何违反法律法规的修改都是无效的，甚至可能面临法律制裁。
公平、公正、诚实信用：
- 双方应遵循公平、公正、诚实信用的原则进行协商和修改，不得损害任何一方的合法权益。在修改过程中，应充分考虑对方的利益和关切点，确保修改后的合同条款对双方都是公平合理的。
及时通知与确认：
- 修改后的合同条款应及时通知所有相关方，并确保各方对修改内容达成一致意见。这有助于避免后续因合同条款修改而产生的纠纷和争议。
保留书面记录：
- 在协商和修改合同条款的过程中，应详细记录沟通内容和结果，并保留相关书面文件，以备后续可能出现的纠纷处理。书面记录是证明双方协商和修改过程的重要证据，有助于维护双方的合法权益。
总结来说，招标文件中的合同条款在一定条件下是可以修改的，但必须遵循严格的程序和法律规定。无论是招标过程中的修改还是中标后的非实质性条款调整，都需要确保修改的合法性、公平性和透明度。同时，对于实质性条款，特别是在中标后的合同签订阶段，是严格不允许更改的。因此，在进行合同条款修改时，务必谨慎处理，确保所有操作都符合法律法规的要求。如果你在实际操作中遇到任何问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。