单位辞退员工时，补偿工资的计算基数是应发工资，而非基本工资或实发工资。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与规定

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
2. 《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步明确规定，劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。

二、应发工资与基本工资、实发工资的区别

1. 应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。
2. 基本工资：是劳动者工资构成中的固定部分，通常不随工作业绩或工作时间的变化而变化。
3. 实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。

三、为何以应发工资为计算基数

1. 全面反映收入：应发工资更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值，包括基本工资、奖金、津贴等各项收入。
2. 保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
3. 法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。

四、特殊情况下的处理

1. 月平均工资低于当地最低工资标准：如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
2. 工作不满12个月：如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。

五、具体计算示例

假设员工小李每月基本工资为4000元，加上奖金1000元和各项补贴500元，那么他的应发工资为5500元。若当月扣除个人所得税200元、社保个人缴纳部分400元、住房公积金个人缴纳部分600元，其实发工资为4300元。在辞退计算经济补偿时，应以5500元（应发工资）为准，而非4000元（基本工资）或4300元（实发工资）。

总结与建议：

单位辞退员工时，补偿工资的计算基数是应发工资，这一规定既符合法律法规，也能更全面地保障劳动者的权益。因此，在计算经济补偿时，用人单位应严格按照法律法规的规定进行，确保劳动者的合法权益得到充分保障。如果用人单位在计算经济补偿时存在违法行为，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会或人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。