若纪委调查时间结束但证据链不完整，通常有以下几种处理方式及建议：

1. 补充调查
   纪委在调查时间结束后，若发现证据链不完整，可依法申请延长调查期限或启动补充调查程序。根据《中国共产党纪律检查机关监督执纪工作规则》，调查组需在规定时间内完成初步核实，但若关键证据缺失（如证人证言、书证、物证等），可向上级纪委报批后继续收集证据。
   建议：若您是涉案人员或相关方，可主动配合调查，提供有利证据或线索；若认为调查程序违法，可依法提出异议。

2. 证据审查与认定
   即使证据链不完整，纪委仍需对现有证据进行审查。若现有证据能形成“优势证据”或“高度盖然性”（如部分书证、证人证言相互印证），可能依法作出处理决定；若证据严重不足，则可能终止调查或作出无违纪结论。
   建议：若您对证据认定有异议，可在收到处理决定后依法申请复议或申诉，要求纪委重新审查证据。

3. 程序合规性审查
   若纪委未依法延长调查期限或未履行补充调查程序，直接以证据不足结案，可能涉嫌程序违法。根据《中国共产党纪律检查机关案件检查工作条例》，调查需遵循法定程序，否则处理决定可能被撤销。
   建议：若您认为程序违法，可向上级纪委或同级党委反映，要求监督调查程序的合法性。

4. 后续法律救济
   若纪委最终以证据不足结案，但您认为存在冤假错案风险，可通过以下途径救济：

   • 党内申诉：向作出处理决定的纪委或其上级纪委提出申诉；
     
   • 行政复议或诉讼：若涉及行政处罚（如开除公职），可依法申请行政复议或提起行政诉讼；
     
   • 国家赔偿：若因错误调查导致人身或财产损害，可依法申请国家赔偿。
     

总结：证据链不完整时，纪委可能通过补充调查、证据审查或程序合规性审查处理。若您对结果有异议，需根据具体情况选择申诉、复议或诉讼等途径维权。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合案情提供针对性建议。