结论：要避免房屋因建设多年已形成事实依据但仍被认定为违建，关键在于确保房屋建设符合当时的法律法规、规划要求，并尽可能完善相关手续和证据留存。以下是从不同角度给出的具体分析和建议：
一、法律法规与规划要求的符合性
核查建设时的法律法规：
- 首先，需要核查房屋建设时当地有效的城乡规划、土地管理等相关法律法规，确认房屋的建设是否符合当时的规定。如果房屋建设时符合当时的法律法规要求，那么即使后续法律法规有所变化，也不应轻易被认定为违建。
了解规划调整情况：
- 如果房屋建设后，当地规划进行了调整，导致房屋现状与新的规划要求不符，这并不意味着房屋就是违建。此时，可以积极与相关部门沟通，了解规划调整的具体情况，以及是否有补救措施或补偿方案。
二、手续完善与证据留存
完善建设手续：
- 如果房屋建设时手续不齐全，如未取得建设工程规划许可证、施工许可证等，应尽快补办相关手续。虽然补办手续可能面临一定的困难和费用，但这是避免房屋被认定为违建的有效途径。
留存建设证据：
- 保留房屋建设过程中的相关证据，如施工合同、设计图纸、施工照片、付款凭证等。这些证据可以证明房屋的建设过程、建设时间以及建设时的实际情况，有助于在后续争议中证明房屋的合法性。
三、积极沟通与协商
与相关部门沟通：
- 如果房屋面临被认定为违建的风险，应积极与当地城乡规划、城管执法等相关部门沟通，了解具体情况和认定依据。通过沟通，可以争取到更多的理解和支持，甚至可能避免房屋被认定为违建。
参与听证或申诉：
- 如果对违建认定有异议，可以依法参与听证程序或提出申诉。在听证或申诉过程中，可以充分陈述自己的观点和理由，提供相关证据和法律依据，争取维护自己的合法权益。
四、法律风险与应对
了解法律风险：
- 如果房屋最终被认定为违建，可能面临拆除、罚款等法律风险。因此，在房屋建设前和建设过程中，应充分了解相关法律法规和规划要求，避免违法建设。
寻求法律帮助：
- 如果面临违建认定或拆除等法律风险，可以及时寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律咨询、代理诉讼等法律服务，帮助维护自己的合法权益。
进一步思考：在房屋建设过程中，除了遵守法律法规和规划要求外，还应注重与周边居民和社区的沟通与协调。良好的邻里关系和社区环境有助于减少后续争议和纠纷的发生。同时，对于已经建设多年的房屋，如果确实存在违建情况，也应积极面对并寻求合法合规的解决方案，而不是逃避或忽视问题。有问题可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的法律建议。