中标后被废标，第三方代理费能否退还，这主要取决于代理合同的约定以及废标的原因。以下从不同角度进行分析：
代理合同约定：
- 如果代理合同中明确规定了在中标后被废标的情况下，代理费是否退还以及退还的比例或方式，那么应当首先遵循合同中的约定。合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力，因此合同中的条款是解决此类纠纷的首要依据。
废标原因：
- 因招标人原因废标：如果废标是由于招标人的原因，如招标文件存在歧义、招标过程存在违规等，导致中标无效，那么在这种情况下，招标人可能需要承担一定的责任。对于第三方代理费，如果代理机构没有过错，且已经按照合同约定完成了代理服务，那么代理费可能不予退还。但如果代理机构存在过错，如未尽到合理的审查义务等，那么招标人可能有权要求代理机构退还部分或全部代理费。
- 因中标人原因废标：如果废标是由于中标人的原因，如中标人提供虚假材料、中标后无法履行合同等，导致中标无效，那么在这种情况下，中标人通常需要承担违约责任。对于第三方代理费，如果代理机构已经按照合同约定完成了代理服务，且没有过错，那么中标人通常无权要求代理机构退还代理费。
- 不可抗力或其他非双方原因：如果废标是由于不可抗力或其他非招标人、中标人原因导致的，如自然灾害、政策变化等，那么双方可能需要根据实际情况协商解决代理费的退还问题。在这种情况下，如果代理机构已经完成了部分代理服务，且该部分服务对于废标没有直接责任，那么代理机构可能有权要求按照已完成的服务比例收取代理费。
法律原则与公平性：
- 在处理此类纠纷时，还应考虑法律原则与公平性。如果代理机构在代理过程中存在过错或疏忽，导致中标被废标，那么代理机构应当承担相应的责任，包括可能退还部分或全部代理费。反之，如果代理机构已经尽到了合理的审查义务，且废标与代理机构无关，那么代理机构有权按照合同约定收取代理费。
建议：
- 在签订代理合同时，双方应明确约定在中标后被废标的情况下代理费的退还问题，以避免后续纠纷。
- 如果发生废标情况，双方应首先根据代理合同的约定进行协商解决。如果协商不成，可以寻求法律途径解决纠纷。
- 在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师的意见，以确保自身权益得到妥善保护。
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