《农村土地承包经营权证管理办法》目前仍然适用，但需注意其适用范围及与新法的衔接问题。以下从多个角度为您详细分析：

一、法规现状

《农村土地承包经营权证管理办法》是由农业部制定并发布的部门规章，旨在规范农村土地承包经营权证的登记、发放和管理等工作。该办法自发布以来，一直是我国农村土地承包经营权管理的重要依据，目前并未被废止或修订，因此仍然具有法律效力。

二、适用范围

该办法主要适用于农村土地承包经营权的登记、发放、变更、注销等管理工作。具体来说，它规定了农村土地承包经营权证的申请、审核、登记、发放等程序，以及证书的变更、换发、补发和注销等情形。只要涉及农村土地承包经营权的管理活动，都应当遵循该办法的规定。

三、与新法的衔接

虽然《农村土地承包经营权证管理办法》仍然适用，但随着我国农村土地制度改革的不断深入，相关法律法规也在不断完善。例如，《中华人民共和国农村土地承包法》等法律对农村土地承包经营权的管理作出了更为详细的规定。在实际操作中，应当注意将《农村土地承包经营权证管理办法》与新法相结合，确保管理活动的合法性和有效性。

四、实际操作建议

1. 了解当地政策：由于农村土地承包经营权的管理涉及地方政策，因此在具体操作前，建议先了解当地的相关政策规定，以确保符合地方要求。
2. 遵循法定程序：在申请、变更、注销农村土地承包经营权证时，应当严格按照《农村土地承包经营权证管理办法》规定的程序进行，确保程序的合法性和有效性。
3. 保留相关证据：在办理农村土地承包经营权证的过程中，应当保留好相关证据，如申请书、审核意见、登记簿等，以备不时之需。

五、可能遇到的法律问题及应对

1. 证书遗失或损坏：如果农村土地承包经营权证遗失或损坏，应当及时向原发证机关申请补发或换发。在申请时，需要提供相关证明材料，如身份证明、土地承包合同等。
2. 承包经营权变更：如果农村土地承包经营权发生变更，如转让、互换等，应当及时向原发证机关申请变更登记。在申请时，需要提供变更协议、身份证明等相关材料。
3. 争议解决：如果因农村土地承包经营权产生争议，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决争议时，应当依据相关法律法规和政策规定，维护自己的合法权益。

如有任何关于农村土地承包经营权证管理的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。