如果软件著作权补正两次后仍未通过，通常意味着该申请可能因不符合登记要求而被最终驳回，但具体后果和处理方式需结合实际情况分析。以下从不同角度为你详细说明：

一、法律后果与程序终结

1. 申请驳回：根据《计算机软件著作权登记办法》及相关规定，若补正两次后仍不符合登记条件，版权局将作出不予登记的决定，并书面通知申请人。此时，该软件著作权申请程序正式终结，申请人无法再通过同一申请获得登记证书。

2. 权利不受影响：需明确的是，软件著作权自作品创作完成之日起自动产生，登记并非权利产生的必要条件。因此，即使申请被驳回，软件开发者仍享有著作权，只是无法通过登记证书获得官方证明，可能在维权或商业合作中面临一定不便。

二、后续处理建议

1. 分析驳回原因：首先，应仔细阅读版权局发出的驳回通知，明确具体驳回理由（如材料不全、代码相似度过高、功能描述模糊等）。这是后续改进或申诉的关键依据。

2. 针对性改进：

   • 材料补充：若因材料不全被驳回，需补充缺失的材料（如源代码、设计文档、用户手册等），并确保材料真实、完整、符合格式要求。
   • 代码优化：若因代码相似度过高被驳回，需对代码进行实质性修改，降低相似度，并重新整理修改后的代码提交。
   • 描述清晰化：若因功能描述模糊被驳回，需重新撰写详细、准确的功能描述，突出软件的独创性和创新性。

3. 重新申请或申诉：

   • 重新申请：在改进后，可重新提交软件著作权登记申请。此时，需确保所有材料均符合登记要求，以避免再次被驳回。
   • 申诉：若认为驳回决定存在错误或不合理，可在收到驳回通知之日起一定期限内（通常为30日）向版权局提出申诉，要求复核。申诉时需提交书面申诉材料，详细说明申诉理由和依据。

三、特殊情况处理

1. 争议解决：若驳回决定涉及复杂的技术或法律问题（如代码抄袭争议），可考虑通过法律途径解决。例如，提起行政诉讼，要求法院撤销驳回决定并责令版权局重新作出决定。但需注意，此类诉讼成本较高，且需承担败诉风险。

2. 专业协助：在处理软件著作权登记问题时，若感到困惑或无力应对，可寻求专业律师或知识产权代理机构的协助。他们具有丰富的经验和专业知识，能够为你提供针对性的建议和帮助。

总结来说，软件著作权补正两次后未通过并不意味着权利丧失，但需根据驳回原因采取针对性措施。若你有进一步的问题或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。