软件著作权申请存在二次补证的机会。具体分析如下：

一. 补正次数的规定

• 在现行的软件著作权登记制度下，对于申请材料的补正次数并没有明确的次数限制。只要申请人能够按照审查机构（如版权局）的要求，在规定期限内对提交的申请材料进行修改、补充或澄清，并重新提交，理论上可以进行多次补正，包括二次补证。

二. 补正的影响

• 时间成本增加：虽然补正次数无明确限制，但频繁或长期未能完成有效补正，将导致申请周期延长，增加时间成本。
• 下证难度可能增加：多次补正可能导致审查机构对申请产生质疑，从而增加下证的难度。
• 补正内容的重要性：如果补正内容涉及软件本身的核心创新点、原创性或合规性等重大问题，可能需要申请人进行较大幅度的修改或补充，这同样会影响下证时间。

三. 建议

• 严格审查材料：在提交申请前，著作权人或代理机构应严格审查材料规范，把控材料质量，尽量避免驳回，从而减少补正的需要。
• 高效补正：若确实需要补正，应尽快按照审查机构的要求进行修改和补充，并重新提交，以减少对下证时间的影响。
• 考虑加急申请：由于版权中心现在有意控制下证率，尤其是普通申请的，因此，如果条件允许，可以考虑选择加急申请，以加快审查进程。

综上所述，软件著作权申请存在二次补证的机会，但频繁补正可能会延长下证周期并增加下证难度。因此，建议著作权人或代理机构在提交申请前严格审查材料，并在需要补正时高效、准确地完成补正工作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。