投标文件雷同情况下，投标保证金的处理需分情况讨论，具体如下：

1. 若雷同被认定为串通投标
   根据《招标投标法实施条例》第四十条，投标文件雷同可能被认定为“不同投标人的投标文件由同一单位或者个人编制”或“不同投标人委托同一单位或者个人办理投标事宜”等串通投标情形。此时：

   • 招标人有权没收投标保证金（《招标投标法实施条例》第六十六条）；
     
   • 涉事投标人可能面临行政处罚（如罚款、取消投标资格等）；
     
   • 若串通行为影响中标结果，中标无效，且需承担民事赔偿责任。

2. 若雷同因客观原因导致（如使用同一模板但内容独立）
   若投标人能证明文件雷同系非主观故意（例如：均使用招标方提供的统一模板，但核心内容如技术方案、报价等独立编制），且未损害招标公平性：

   • 招标方通常无权没收保证金，需退还投标人；
     
   • 但需注意：若招标文件明确要求“禁止雷同”或“雷同视为无效投标”，则可能按合同约定处理（此时需结合招标文件具体条款分析）。

3. 若雷同涉及部分内容（如格式、非关键条款）
   若雷同仅限于非实质性内容（如封面格式、目录排版等），而核心投标内容（如技术方案、报价、资质证明等）独立且符合要求：

   • 一般不构成串通投标，保证金应退还；
     
   • 但招标方可能以“未响应招标文件要求”为由否决投标（需结合招标文件具体条款判断）。

建议行动：

• 投标人应保留编制投标文件的原始记录（如草稿、修改痕迹、团队沟通记录等），以证明文件独立性；
  
• 若遭遇保证金被不合理没收，可依据《招标投标法》第六十五条向行政监督部门投诉，或通过诉讼主张权利；
  
• 招标方应在招标文件中明确“雷同”的认定标准及处理规则，避免争议。
  

如有进一步细节（如雷同的具体内容、招标文件条款等），可向我补充说明，我会为您具体分析。