针对您提出的“村长把村里的集体土地卖给本村人盖自建房，合同写着使用权流转是否合法”的问题，我们需要从多个角度来详细分析。
首先，我们要明确的是，农村土地属于农民集体所有，而非村委会或村长的私有财产。村委会和村长仅作为村民自治组织和管理者，依法代表集体行使对土地的经营、管理职能，但无权擅自处分集体土地的所有权或进行非法的土地流转。
接下来，我们分析土地流转的合法性与程序：
流转限制：
- 农村集体土地的使用权流转，特别是农用地转为建设用地，必须符合严格的法律条件和程序。
- 即使是农村集体经营性建设用地的流转，也必须经过本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或三分之二以上村民代表的同意，并报乡（镇）人民政府批准。
合同内容与合法性：
- 合同中写着“使用权流转”并不直接等同于合法。关键在于这种流转是否符合上述的民主决策程序、是否经过相关政府部门的批准，以及是否符合土地用途管制的要求。
- 如果村长未经合法程序，擅自将集体土地的使用权流转给本村人用于盖自建房，这种行为很可能是非法的。
土地用途管制：
- 农村集体土地有明确的用途管制，特别是农用地和宅基地等，不能随意转为建设用地。
- 若需转为建设用地，必须依法经过严格的审批程序，包括农用地转用审批、土地征收（如需）等。
针对您的情况，我给出以下建议：
- 核实流转程序：首先，您需要核实村长进行土地流转时是否经过了合法的民主决策程序，是否获得了相关政府部门的批准。
- 咨询专业律师：如果流转程序存在疑问或不合规，建议您咨询专业律师，了解具体的法律权益和可能的法律途径。
- 向上级部门反映：如果发现村长存在违法行为，您可以及时向上级政府部门或土地管理部门反映情况，要求进行调查处理。
综上所述，村长把村里的集体土地卖给本村人盖自建房，仅凭合同中写着“使用权流转”并不能确定其合法性。关键在于这种流转是否符合法律条件和程序。如果未经合法程序，这种行为很可能是非法的，您应积极采取措施保护集体土地的权益。