是的，合伙协议纠纷在立案后通常会先进行调解。这是基于我国民事诉讼程序中的一项重要原则——调解优先原则，该原则旨在通过平和、协商的方式解决纠纷，减少诉讼对抗，降低当事人的诉讼成本，同时也有利于节约司法资源。
调解的法律依据与程序
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，人民法院在受理民事案件后，可以根据当事人的意愿和案件情况，在开庭前进行调解。对于合伙协议纠纷这类民事案件，同样适用这一规定。
调解程序：
- 在立案后，法院会向双方当事人送达调解通知书，告知调解的时间、地点和注意事项。
- 调解过程中，法官会引导双方当事人就纠纷的实质问题进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 如果调解成功，双方当事人会签订调解协议，该协议具有法律效力，一旦一方不履行，另一方可以向法院申请强制执行。
- 如果调解不成，法院会及时转入诉讼程序，进行开庭审理。
调解的优势与意义
降低诉讼成本：
- 调解不需要像诉讼那样经过严格的庭审程序，因此可以节省当事人的时间、精力和金钱。
保护商业关系：
- 合伙协议纠纷往往涉及商业合作关系的破裂，通过调解可以尽量维护双方的关系，为未来的合作留下可能性。
提高解决效率：
- 调解程序相对灵活，可以根据当事人的需求和案件情况快速进行，有助于提高纠纷解决的效率。
调解的注意事项
自愿原则：
- 调解必须基于双方当事人的自愿，任何一方都不得强迫对方接受调解或调解结果。
合法性原则：
- 调解协议的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，否则调解协议将无效。
保密性原则：
- 调解过程中，双方当事人的陈述和意见应当保密，不得对外泄露，以保护当事人的商业秘密和隐私。
特殊情况下的处理
- 如果合伙协议纠纷涉及复杂的法律问题或事实争议，且双方当事人无法达成调解协议，那么法院会及时转入诉讼程序，通过庭审来查明事实、适用法律，并作出判决。
总结与建议：合伙协议纠纷在立案后通常会先进行调解，这是基于调解优先原则和民事诉讼程序的规定。调解具有降低诉讼成本、保护商业关系和提高解决效率等优势。然而，调解也必须遵循自愿、合法和保密等原则。如果调解不成或涉及复杂问题，法院会及时转入诉讼程序。如果您在合伙协议纠纷中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。