员工工伤停工留薪期的确定主要依据的是当地人力资源和社会保障部门发布的相关规定。以甘肃省为例，其出台了《甘肃省工伤职工停工留薪期确认办法》，该办法为工伤职工停工留薪期的确认提供了明确的指导。以下是根据该办法及其他一般性原则，对员工工伤停工留薪期如何确定的详细解答：

一、停工留薪期的基本定义

停工留薪期是指职工因工伤暂停工作接受治疗，并继续享受原工资福利待遇的期限。这是为了保障工伤职工在治疗期间的基本生活和经济来源。

二、停工留薪期的确定原则

1. 科学、公正、高效：停工留薪期的确定应遵循科学、公正、高效的原则，确保工伤职工得到及时、合理的治疗期。

2. 依据诊断证明：停工留薪期一般由用人单位对照当地统一发布的分类目录，并依据工伤保险协议医疗机构的诊断证明确认。

三、停工留薪期的具体确定

1. 一般期限：停工留薪期一般不超过12个月。这是基于工伤职工的一般治疗周期和康复需要而设定的。

2. 特殊情形处理：

   • 多部位受伤：如果工伤职工多部位受伤，停工留薪期的确定应综合考虑各部位的伤情和治疗需要。
   • 未列入目录的损伤：对于未列入分类目录的损伤，应根据医疗机构的诊断证明和实际情况，合理确定停工留薪期。
   • 原发性损伤引发并发症：如果原发性损伤引发了并发症，停工留薪期的确定应延长至并发症治疗完毕。

3. 延长申请：

   • 条件：停工留薪期满12个月后，如果伤情严重确需延长，工伤职工可以在规定时限内向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请。
   • 流程：劳动能力鉴定委员会将根据工伤职工的伤情和治疗情况，作出是否延长的确认结论。
   • 时限：延长停工留薪期最长不超过12个月，累计总期限不得超过24个月。

四、停工留薪期间的待遇支付

1. 工资福利待遇：工伤职工在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由用人单位按月支付。

2. 护理责任：如果工伤职工生活不能自理，停工留薪期内的护理由用人单位负责。

3. 后续待遇：停工留薪期满后，工伤职工应按规定开展劳动能力鉴定，并根据鉴定结果享受相应的伤残待遇。

五、监督与管理

当地人力资源和社会保障部门负责对停工留薪期确认工作进行指导监督，确保停工留薪期的确定合理、公正。同时，分类目录也会根据实际情况适时调整，以更好地适应工伤职工的治疗需要。

综上所述，员工工伤停工留薪期的确定是一个综合考量伤情、治疗需要和相关规定的过程。用人单位和工伤职工应共同遵循相关规定，确保停工留薪期的合理确定和待遇的及时支付。