协议拆迁不合法的监管部门及处理方式，主要取决于协议拆迁的具体违法情形及涉及的法律关系，以下从不同角度进行分析：
若协议拆迁涉及行政违法，如未依法取得拆迁许可、违反法定程序等
- 监管部门：在此情况下，协议拆迁的违法性主要体现在行政程序或行政许可方面，因此，主要的监管部门是当地的房屋拆迁管理部门（通常为住房和城乡建设局或相关政府部门）以及城市规划部门。这些部门负责监督拆迁项目的合法性，包括拆迁许可的发放、拆迁程序的执行等。
- 处理方式：若发现协议拆迁存在行政违法情形，相关利害关系人可以向上述监管部门投诉或举报，要求其对违法行为进行调查和处理。监管部门在查实后，有权对违法行为进行纠正，如撤销非法拆迁许可、责令停止违法行为等，并可能对相关责任人进行行政处罚。
若协议拆迁涉及民事违法，如欺诈、胁迫、显失公平等
- 监管部门：在民事违法情形下，协议拆迁的违法性主要体现在拆迁协议的签订和执行过程中。此时，主要的监管和救济途径是通过民事诉讼，由法院对拆迁协议的合法性进行审查，并作出相应判决。虽然法院不是传统意义上的“监管部门”，但它是解决民事纠纷、维护民事法律秩序的重要机构。
- 处理方式：若认为协议拆迁存在民事违法情形，相关利害关系人可以向法院提起民事诉讼，要求确认拆迁协议无效或撤销拆迁协议，并可能要求赔偿因此造成的损失。法院在审理案件时，会依据相关法律法规和事实情况，对拆迁协议的合法性进行全面审查，并作出公正判决。
若协议拆迁涉及刑事犯罪，如贪污、受贿、滥用职权等
- 监管部门：在刑事犯罪情形下，协议拆迁的违法性已经上升到了刑事层面。此时，主要的监管和侦查部门是公安机关，他们负责接收报案、立案侦查，并收集证据以证明犯罪事实的存在。
- 处理方式：若发现协议拆迁涉及刑事犯罪，相关利害关系人可以向公安机关报案，要求其对犯罪行为进行侦查和处理。公安机关在查实后，会将案件移送检察机关审查起诉，最终由法院进行审判。若犯罪成立，相关责任人将受到刑事处罚。
总结与建议：
- 协议拆迁不合法的监管部门及处理方式取决于违法情形的性质。行政违法找房屋拆迁管理部门或城市规划部门；民事违法通过民事诉讼解决；刑事犯罪则向公安机关报案。
- 在处理协议拆迁不合法的情形时，建议相关利害关系人首先明确违法情形的性质，然后选择合适的监管部门或救济途径进行投诉、举报或诉讼。
- 若对协议拆迁的合法性存在疑问或担忧，建议及时咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议和帮助。
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