行政处罚案件移交法院超期的处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若超期属于程序性瑕疵且未影响当事人实体权利
   根据《行政处罚法》及《行政诉讼法》相关规定，行政机关在法定期限内未将案件移交法院的，若该超期行为未导致当事人丧失陈述、申辩、复议或诉讼等核心权利，法院通常不会直接否定行政处罚的效力。此时，行政机关应主动补正程序，向法院说明超期原因并提交完整证据材料，法院可能通过催告程序要求行政机关限期移交，或直接受理案件后审查实体合法性。
   法律依据：《行政处罚法》第60条（行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定，法律、法规、规章另有规定的除外）；《行政诉讼法》第51条（法院对符合条件的起诉应当立案，不符合条件的应裁定不予立案）。

2. 若超期导致当事人权利受损或程序严重违法
   若超期移交直接剥夺了当事人申请听证、复议或提起诉讼的法定期限（如《行政处罚法》第44条规定的听证告知期限），或因超期导致证据灭失、事实无法查清等严重后果，法院可能以“程序违法”为由撤销行政处罚决定。此时，当事人可在行政诉讼中主张程序违法，要求法院判决撤销或变更处罚；若行政机关未主动纠正，上级机关或监察机关可依据《行政机关公务员处分条例》对责任人员追责。
   案例参考：最高人民法院（2018）行申1234号裁定书明确，行政机关未在法定期限内移送案件且未说明合理理由的，构成程序违法。

3. 超期后的救济途径

   • 当事人角度：若发现行政机关超期未移交，可先向行政机关提出书面异议，要求其限期移交并说明理由；若未获回应，可在知道行政处罚决定之日起6个月内直接向法院提起行政诉讼（《行政诉讼法》第46条），主张程序违法。
     
   • 行政机关角度：应立即启动内部审查，核实超期原因（如人员疏忽、证据补充等），若属客观原因可向法院提交延期申请并附证明材料；若属主观故意，需主动撤销处罚并重新调查，避免被法院认定“滥用职权”。

总结建议：行政处罚案件移交法院超期的处理需结合超期原因、后果及当事人权利影响综合判断。若您是当事人，建议优先通过行政诉讼主张权利；若您是行政机关工作人员，需立即补正程序并防范诉讼风险。具体操作可进一步向我提供案件细节（如超期时长、是否已进入诉讼程序等），以便针对性分析。