在买卖合同案开庭前被告已付清款项，但原告不撤诉的情况下，被告可采取以下措施应对：

1. 积极与原告沟通，了解其不撤诉的真实原因
   被告可主动联系原告，询问其不撤诉的具体原因。例如，原告可能认为被告的付款存在延迟、利息或违约金未支付，或对合同履行存在其他争议。若双方能就剩余争议达成一致，原告可能同意撤诉或变更诉讼请求。

2. 向法院提交付款证据，申请法院驳回原告起诉或调解
   被告应在开庭前或开庭时，向法院提交已付清款项的证据（如转账记录、收据等），证明合同主要义务已履行完毕。此时，法院可能根据案件情况作出以下处理：

   • 若原告的诉讼请求已无事实依据（如仅主张货款，而被告已付清），法院可能直接驳回原告起诉；
     
   • 若原告还有其他诉讼请求（如违约金、利息等），法院可能组织双方调解，促成和解；
     
   • 若原告坚持不撤诉且无合理理由，法院可能判决驳回其诉讼请求。

3. 准备应诉材料，应对原告可能提出的其他主张
   即使被告已付清款项，原告仍可能主张其他权利（如逾期付款的利息、违约金、合同解除后的损失赔偿等）。被告需根据合同约定及法律规定，准备相关证据（如付款时间、合同条款、沟通记录等），证明自身无违约行为或已履行减损义务，避免承担额外责任。

4. 关注诉讼程序进展，及时行使权利
   被告应密切关注法院的开庭通知、举证期限等程序要求，按时提交证据、参加庭审。若原告在开庭后仍坚持不撤诉，被告可在法庭辩论阶段明确提出“合同义务已履行完毕，原告诉求无依据”的抗辩意见，并请求法院依法判决。

温馨提示：诉讼程序具有强制性，原告是否撤诉是其权利，但法院最终会根据事实和法律作出公正裁决。被告无需因原告不撤诉而过度担忧，只需积极应对、充分举证，即可有效维护自身权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。