结论：仅持有合格证而缺乏发票的情况下，能否取回被交警扣留的摩托车，需结合具体情况判断，但总体存在取回可能，关键在于证明车辆来源合法性及满足其他法定条件。 以下是具体分析：

1. 车辆来源合法性是核心前提

根据《道路交通安全法》及实施条例，交警扣留车辆的主要原因是车辆存在违法状态（如无牌、无证、未年检等）或涉及交通事故。取回车辆的关键是证明车辆来源合法，而合格证是证明车辆符合国家标准、允许销售的重要文件，但发票是证明车辆所有权转移的直接证据。若无法提供发票，需通过其他方式补强合法性证明：

• 购车合同或收据：若能提供与卖方的书面合同、转账记录或收据，可辅助证明车辆来源；
  
• 原车主证明：若车辆为二手交易，可联系原车主出具转让证明（需签字按手印），并附上原车主的身份证复印件；
  
• 社区或派出所证明：部分地区允许通过社区或派出所开具车辆归属证明，作为辅助材料。
  

2. 需满足其他法定取回条件

即使证明车辆来源合法，仍需满足以下条件才能取回：

• 处理完所有违法行为：如未悬挂号牌、未投保交强险、驾驶人无驾驶证等，需先接受处罚（如罚款、扣分）并整改；
  
• 提供完整车辆手续：除合格证外，还需提供车辆一致性证书、环保清单等（部分地区要求）；
  
• 缴纳停车费（如有）：根据《行政强制法》，因查封、扣押产生的保管费用由行政机关承担，但部分地区可能违规收费，需核实当地规定。
  

3. 特殊情形下的处理建议

• 车辆为赠与或继承所得：若车辆是通过赠与或继承获得，需提供公证书或亲属关系证明，并说明发票遗失原因；
  
• 发票遗失但车辆已上牌：若车辆已办理登记上牌，可凭行驶证、登记证书等证明车辆合法性，发票非必需；
  
• 涉嫌盗抢车辆：若交警怀疑车辆为盗抢，需配合调查并提供购车时的资金流水、证人证言等，证明不知情且合法购买。
  

4. 实务操作建议

• 主动联系交警部门：携带合格证、身份证、其他辅助证明材料，前往扣车单位说明情况，填写《取回车辆申请书》；
  
• 申请行政复议或诉讼：若交警以“手续不全”为由拒绝放车，且您已提供充分证明，可向上级公安机关申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼；
  
• 补办发票（如可能）：联系原销售商或厂家，尝试补开发票（需提供购车凭证、车辆信息等），部分商家可能收取手续费。
  

总结：合格证是取回车辆的重要依据，但需结合其他材料证明合法性。建议优先与交警部门沟通，明确具体缺失的手续，再针对性补充材料。若遇到不合理扣留，可依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。