结论前置：第二次起诉离婚且分居超过三年，并不一定会被判离。法院判决离婚的核心标准是夫妻感情是否确已破裂，而非起诉次数或分居时间的长短，尽管分居时间是一个重要的考量因素。
一、法律基础与规定
根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的规定，夫妻一方要求离婚的，可以向人民法院提起离婚诉讼。法院在审理离婚案件时，会进行调解；若感情确已破裂且调解无效，应当准予离婚。法律明确列出了几种情形，如重婚、家庭暴力、恶习屡教不改、因感情不和分居满二年等，这些情形下调解无效应准予离婚。特别地，经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，也应当准予离婚。但这一条款并未直接规定分居超过三年就一定判离，而是强调了分居的连续性和与首次判决不准离婚后的时间关联。
二、法院实际审理中的考量因素
在实际操作中，法院会全面、综合地审查案件情况，以确保判决的公正性和合理性。具体考量因素包括：
婚姻基础与婚后感情：法院会评估双方的婚姻基础是否牢固，以及婚后的感情发展状况，以判断是否存在挽回婚姻的可能性。
分居状态的真实性：分居时间虽然是一个重要因素，但法院更关注的是分居状态的真实性和连续性。如果分居期间双方仍有共同生活迹象，或者分居状态不连续、不清晰，法院可能对分居事实存疑，从而影响判决结果。
夫妻感情是否确已破裂：这是判决离婚的法定条件。即便分居时间较长，如果双方仍有感情基础，或者通过沟通等方式有可能挽回婚姻，法院可能不会判决离婚。
对方的态度与行动：如果对方坚决不同意离婚，并有和好的意愿和实际行动，法院通常会谨慎判决离婚。相反，如果对方也表示同意离婚，或对婚姻关系已无留恋，这将增加判决离婚的可能性。
证据的充分性：提供充分的证据证明感情破裂是支持离婚诉求的关键。这包括但不限于分居期间的证人证言、聊天记录、分居协议等。若证据不足，法院可能难以认定感情破裂，从而不判决离婚。
三、针对您情况的具体分析
在您的情况下，虽然分居时间超过了三年，但法院在判决时仍会综合考虑上述因素。特别是要关注分居状态的真实性和连续性，以及双方是否有和好的可能。如果分居期间双方没有共同生活，且感情已经彻底破裂，同时您能提供充分的证据来支持这一点，那么法院判决离婚的可能性会相对较大。
四、建议与行动
收集证据：尽可能收集能够证明双方分居状态真实性和连续性的证据，如租房合同、水电费账单、社区证明等。同时，收集能够证明夫妻感情确已破裂的证据，如聊天记录、证人证言等。
了解对方态度：在诉讼前尽可能了解对方的态度和行动，以便在诉讼中做出有针对性的应对。
寻求法律帮助：如果您在离婚过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和指导。
总之，第二次起诉离婚且分居超过三年并不一定会被判离。法院会根据具体案件情况进行综合判断，包括夫妻感情是否确已破裂、分居状态的真实性、对方态度以及证据情况等多个方面。因此，在准备离婚诉讼时，请务必充分了解相关法律法规和法院的审理标准，并积极收集证据来支持自己的诉求。