重新申请法院强制执行部分款项确实存在时效限制，但具体情形需细致分析。以下是我从不同角度为您详细阐述：
一、申请执行时效的一般规定
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，申请执行的期间通常为二年。这一时效期间的起算点依据法律文书的不同而有所差异：
一般情形：从法律文书规定履行期间的最后一日起计算。例如，如果判决书中规定被告应在判决生效后十日内履行付款义务，那么申请执行的时效期间就从这第十日起计算两年。
分期履行：若法律文书规定分期履行，则从每次履行期限的最后一日起分别计算。比如，判决书中规定被告应分三期付款，每期付款期限分别为判决生效后的第一个月、第三个月和第六个月，那么申请执行的时效期间就分别从这三期的最后一日起计算两年。
未规定履行期间：若法律文书未规定履行期间，则从法律文书生效之日起计算。这意味着，一旦判决书生效，申请人就有两年的时间来申请强制执行。
二、申请执行时效的中止与中断
申请执行时效并非一成不变，它可能因特定情况而中止或中断：
中止：在申请执行时效期间的最后六个月内，若因不可抗力或其他障碍导致无法行使请求权，时效将中止。中止事由消除后，时效期间继续计算。例如，如果申请人在时效期间的最后六个月内因突发疾病无法行使请求权，那么时效将中止，待申请人康复后，时效期间继续计算。
中断：申请执行时效可因当事人一方提出履行要求、同意履行义务、申请仲裁、提起诉讼等事由而中断。中断时起，时效期间重新计算。比如，如果申请人在时效期间内向被执行人提出了履行要求，或者被执行人同意履行义务，那么时效期间将从这一时刻起重新计算两年。
三、超时效申请的处理及例外情况
超时效申请的处理：即使申请执行的时效已经超过法定期间，只要在此期间内向法院提交强制执行的申请，法院仍会予以受理。但若被执行人提出时效异议，并经法院审查确认，法庭将作出拒绝执行的裁定。因此，申请人应密切关注时效规定，确保在有效期内提出申请。
例外情况：在特定情况下，即使超过了申请执行期限，当事人仍有可能获得法院的执行支持。例如，当终结本次执行程序后，再次发现被执行人有可供执行财产的，可以再次申请执行，且此时不受申请执行时效期间的限制。这意味着，如果申请人之前因为被执行人没有可供执行的财产而终结了执行程序，但后来又发现了被执行人的财产，那么申请人可以随时再次申请强制执行，不受时效期间的限制。
四、应对策略与建议
密切关注时效规定：申请人在重新申请强制执行前，应仔细核查时效期间，确保在有效期内提出申请。这可以通过查阅相关法律文书、咨询法律专业人士等方式来实现。
妥善保留证据：为应对可能的时效质疑，申请人应收集和保留与申请执行相关的所有证据材料，包括但不限于法律文书、履行记录、催款通知等。这些证据材料将有助于证明申请人在时效期间内已经行使了请求权，或者存在时效中止、中断的情形。
及时采取行动：一旦发现被执行人有可供执行的财产或者存在时效中止、中断的情形，申请人应及时向法院申请强制执行，以免错过时机。
总结来说，重新申请法院强制执行部分款项确实存在时效限制，但具体情形需根据法律文书的规定、时效的中止与中断以及超时效申请的处理及例外情况等因素来综合判断。如果您在申请强制执行过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。