违法改变房屋使用用途的违法所得计算，需结合具体违法情形、相关法律法规及实际收益情况综合判定，通常以实际获取的租金、差价等经济利益为计算基础。具体分析如下：

1. 违法所得的认定范围
   根据《行政处罚法》第二十八条及《商品房租赁管理办法》等相关规定，违法所得通常指行为人通过违法行为直接或间接获得的经济利益。在房屋用途违法变更场景中，主要包括：

   • 租金收入：若房屋被出租用于非原定用途（如住宅改商用），所有租金收入均可能被认定为违法所得；
     
   • 差价收益：若房屋因用途变更导致价值提升（如商铺租金高于住宅），差价部分可能被纳入违法所得；
     
   • 其他收益：如因用途变更获得的广告费、管理费等附加收入，也可能被计入。
     例外情形：若行为人能证明部分收益与违法用途变更无直接关联（如房屋本身装修价值），可能被排除。

2. 计算方式的核心原则

   • 实际收益原则：以行为人实际获取的经济利益为准，需扣除合理成本（如房屋维护费、税费等），但需注意：
     
     • 合理成本需与违法用途直接相关（如商用房屋的水电费高于住宅，超出部分可扣除）；
       
     • 若成本无法明确区分（如混合用途房屋），可能按比例分摊或全额认定违法所得。
       
   • 时间范围原则：通常以违法行为持续期间（如从用途变更至被发现）的收益为计算周期，但若行为人主动停止违法并整改，可能影响最终认定。

3. 特殊情形的处理

   • 无实际收益但有潜在利益：若房屋未出租但因用途变更导致价值提升（如评估增值），可能按市场租金或增值部分估算违法所得；
     
   • 共同违法情形：若多人共同实施用途变更（如合伙经营），违法所得可能按各自份额或实际参与程度分配；
     
   • 行政与刑事衔接：若违法行为构成犯罪（如非法经营罪），刑事案件中的违法所得计算可能更严格，需以司法机关认定为准。

建议：若您涉及此类纠纷，需重点收集租金合同、转账记录、用途变更证明（如装修合同、营业执照）等证据，并注意区分合法与非法收益部分。具体计算需结合当地执法标准（如部分城市对住宅改商用有额外罚款规定），如有疑问可直接向我咨询细节。