结论：在货主给司机发了三个提货单，而司机只装了两个货物的情况下，责任归属不能一概而论，它取决于多个因素，包括合同的具体条款、双方的交易习惯、以及是否存在过错等。以下是从不同角度进行的分析：
合同条款的角度：
- 如果货物买卖合同或提货单中明确规定了司机必须按照提货单上的数量装载货物，那么司机未装载全部货物可能构成违约。在此情况下，司机应承担违约责任，包括但不限于赔偿货主因此遭受的损失。
- 如果合同或提货单中没有明确规定，或者规定不够明确，那么就需要考虑其他因素来确定责任归属。
交易习惯的角度：
- 在长期的交易过程中，双方可能形成了某些特定的交易习惯。如果按照这些习惯，司机在装载货物时有一定的自主权或灵活性，那么司机只装载两个货物可能并不构成违约。
- 然而，如果交易习惯要求司机必须严格按照提货单上的数量装载货物，那么司机的行为就可能违反了交易习惯，从而需要承担相应的责任。
过错的角度：
- 如果司机因为疏忽、故意或其他过错导致只装载了两个货物，那么司机应承担过错责任。这包括赔偿货主因此遭受的直接损失和间接损失。
- 如果司机没有过错，例如因为货物本身的问题、提货单的错误或其他不可抗力的原因导致只装载了两个货物，那么司机可能不需要承担责任或只需要承担部分责任。
法律建议：
- 对于货主而言，应首先审查货物买卖合同和提货单的具体条款，以确定司机是否构成违约。同时，收集相关证据，如提货单、装载记录、交易习惯等，以支持自己的主张。
- 对于司机而言，应回顾自己的装载过程，确定是否存在过错或疏忽。如果认为自己没有过错，应积极收集证据来证明自己的清白。
- 在双方无法协商解决的情况下，可以考虑通过法律途径来解决争议。这包括向法院提起诉讼或申请仲裁等。
可能的法律后果：
- 如果司机被认定构成违约或过错，那么可能需要承担赔偿货主损失的责任。这包括直接损失（如货物价值的减少）和间接损失（如因货物短缺导致的生产延误、销售损失等）。
- 如果双方都无法证明自己的主张或责任归属不明确，那么法院或仲裁机构可能会根据公平原则、诚实信用原则等来裁决责任归属和赔偿金额。
总之，在货物买卖合同纠纷中，责任归属是一个复杂的问题，需要综合考虑多个因素来确定。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。