手机号透支后扣违约金是否合法，需根据具体情况判断，主要看合同约定及透支行为的性质。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
合同中有明确约定：
- 如果手机号使用合同中明确规定了透支后需扣除违约金的条款，且该条款不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该条款是有效的。在此情况下，运营商扣除违约金是合法的。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第四百六十五条：“依法成立的合同，受法律保护。依法成立的合同，仅对当事人具有法律约束力，但是法律另有规定的除外。”因此，合同中的约定对双方具有法律约束力。
合同中无明确约定：
- 如果合同中没有明确规定透支后需扣除违约金的条款，那么运营商擅自扣除违约金可能构成违约或侵权。用户有权要求运营商返还扣除的违约金，并可能要求运营商承担因此造成的损失。
二、透支行为性质角度
恶意透支：
- 如果用户存在恶意透支行为，如明知自己无法支付费用仍大量透支，或者透支后逃避支付等，那么运营商在合同有约定的情况下扣除违约金是合法的。此外，恶意透支还可能涉及刑事责任，如构成信用卡诈骗罪等（虽然手机号透支与信用卡透支不完全相同，但恶意透支的性质相似）。
非恶意透支：
- 如果用户因疏忽或不可抗力等原因导致透支，且透支金额不大，那么运营商在扣除违约金时应考虑用户的实际情况，避免过度处罚。如果合同中没有明确规定或规定不合理，用户有权提出异议并要求调整。
三、法律建议
审查合同条款：
- 用户应仔细审查手机号使用合同中的相关条款，特别是关于透支和违约金的约定。如果合同中有不明确或不合理的地方，应及时与运营商沟通并寻求解决方案。
保留证据：
- 如果用户认为运营商扣除违约金的行为不合法或不合理，应保留相关证据，如合同、透支记录、扣款通知等，以便在需要时维护自己的合法权益。
寻求法律帮助：
- 如果用户无法与运营商达成一致意见，或者认为自己的权益受到侵害，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况为用户提供法律咨询和代理服务，帮助用户维护自己的合法权益。
总结来说，手机号透支后扣违约金是否合法取决于合同约定和透支行为的性质。用户应仔细审查合同条款并保留相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。