违法用地测绘费原则上应由违法主体承担，但在特定行政程序或司法程序中可能由政府财政临时垫付，最终仍可追偿至违法主体。以下从不同法律角度展开分析：

1. 行政处罚程序中的费用承担

根据《行政处罚法》第五十九条，行政机关实施行政处罚所需经费应纳入本级政府预算，但该条款规范的是行政机关的执法成本，不涉及违法主体应承担的调查费用。
在违法用地查处中，测绘费属于调查取证费用，根据《土地管理法》第六十七条及《行政处罚法》第四十二条，行政机关有权要求违法主体配合调查，但未明确规定费用承担主体。实践中，多数地方性法规（如《XX省土地管理条例》）会明确规定“违法用地调查费用由违法主体承担”，例如：

• 《XX省土地管理条例》第五十二条：对违法用地行为进行调查时，测绘、评估等费用由违法行为人承担。
• 《XX市国土资源行政处罚自由裁量权实施标准》：明确将测绘费列为违法成本，要求违法主体在行政处罚决定生效后15日内缴纳。

2. 行政强制执行中的费用承担

若违法主体拒不履行行政处罚决定，行政机关可申请法院强制执行。根据《行政强制法》第六十条，强制执行费用（包括测绘费）原则上由被执行人承担，但需满足以下条件：

• 行政机关已依法作出处罚决定并送达；
• 违法主体在法定期限内未申请行政复议或提起行政诉讼；
• 行政机关已催告违法主体履行义务。
  例外情形：若违法主体确无履行能力（如破产、失踪），法院可能裁定由政府财政垫付，但政府垫付后仍可通过民事诉讼向违法主体追偿。

3. 司法程序中的费用承担

在土地行政诉讼中，若政府作为被告，根据《诉讼费用交纳办法》第二十九条，诉讼费用由败诉方承担。若政府胜诉，测绘费作为举证成本，可要求违法主体（原告）承担；若政府败诉，则由政府自行承担。
特殊情形：若测绘费属于政府为公共利益支出的必要费用（如环境修复评估），可能通过财政预算列支，但此类情形与“违法用地查处”无直接关联。

4. 政府财政垫付的合法性边界

实践中，部分地方政府为推进违法用地整改，可能先行垫付测绘费，但需符合以下条件：

• 垫付行为有地方性法规或规范性文件依据（如《XX市违法用地整治专项资金管理办法》）；
• 垫付后明确追偿机制（如与违法主体签订还款协议）；
• 垫付资金纳入财政预算，接受审计监督。
  风险提示：若政府无合法依据垫付费用，可能涉嫌违规使用财政资金，需承担行政责任。

总结建议

1. 对违法主体：若您是违法用地责任人，测绘费通常需自行承担，建议积极配合调查，避免强制执行导致费用增加。
   
2. 对行政机关：若您代表政府，需在处罚决定中明确费用承担条款，并保留追偿权利；若需垫付，应完善内部审批流程。
   
3. 对第三方：若您是测绘机构，建议与委托方（政府或违法主体）签订书面合同，明确费用支付主体及违约责任。
   

如有具体案件或地方性法规需进一步分析，可直接向我咨询。