结论：公司非法控制人更换公章的行为是否有效，需根据具体情况判断，但通常非法更换公章的行为是无效的，且可能涉及法律责任。以下从多个角度进行详细分析：
一、公章的法律效力与更换程序
公章的法律效力：
- 公章是公司对外进行法律行为的重要凭证，具有代表公司意志的法律效力。
- 任何使用公章的行为，均视为公司行为，对公司具有法律约束力。
公章的更换程序：
- 根据《公司法》及相关规定，公章的更换通常需要经过公司董事会或股东会的决议，并办理相关备案手续。
- 非法控制人未经合法程序擅自更换公章，属于违法行为。
二、非法更换公章的效力分析
行为无效性：
- 非法更换公章的行为，由于未经合法程序，因此不具有法律效力。
- 任何使用非法更换的公章所进行的法律行为，均可能被视为无效行为，对公司不产生法律约束力。
法律责任：
- 非法控制人擅自更换公章，可能构成对公司财产权的侵害，需要承担民事赔偿责任。
- 如果该行为涉及伪造公司印章等违法行为，还可能触犯《刑法》的相关规定，面临刑事处罚。
三、公司应对措施
及时报警与挂失：
- 公司发现公章被非法更换后，应立即向公安机关报案，并办理公章挂失手续。
- 通过官方渠道公告公章作废，防止非法使用。
内部调查与追责：
- 公司应启动内部调查程序，查明非法更换公章的责任人。
- 根据调查结果，对责任人进行追责，包括但不限于解除劳动合同、追究民事赔偿责任等。
法律维权：
- 如果非法更换公章的行为已经对公司造成损失，公司可以通过法律途径维权。
- 提起民事诉讼，要求责任人赔偿损失；如果涉及刑事犯罪，还可以向公安机关报案，要求追究刑事责任。
四、特殊情况下的考虑
表见代理的例外：
- 在某些特殊情况下，如果第三方善意且无过失地相信非法更换的公章具有法律效力，并基于此进行了法律行为，可能构成表见代理。
- 但这种情况下，公司仍可以通过法律途径追究非法控制人的责任，并要求第三方承担相应的审查义务。
公司治理结构的完善：
- 公司应完善内部治理结构，明确公章的管理和使用程序，防止类似事件再次发生。
- 加强对关键岗位人员的监督和管理，确保公司财产和权益的安全。
建议：公司应高度重视公章的管理和使用，确保公章的更换和使用均经过合法程序。如果发现公章被非法更换或使用，应立即采取措施维护公司权益，并及时向我咨询相关法律问题，以便更好地应对和解决纠纷。