挪用自己公司的资金，主要由公安机关负责调查。以下从不同角度为你详细分析：
法律依据与管辖机关
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百七十二条的规定，公司、企业或其他单位的工作人员，利用职务便利，挪用本单位资金归个人使用或借贷给他人，若数额较大且超过三个月未还，或虽未超期但数额较大且用于营利活动或非法活动，均构成挪用资金罪。此罪行明确由公安机关负责管辖。
案件处理流程中的调查主体
- 侦查阶段：受害单位（即公司）或个人发现挪用资金行为后，应及时向当地公安机关报案。公安机关将依法开展调查取证工作，这包括询问证人、查阅账目凭证等，以确定犯罪事实和犯罪嫌疑人。公安机关会采用多种侦查手段，如讯问嫌疑人、搜查、扣押等，来收集证明犯罪嫌疑人有罪或无罪的证据材料。
- 审查起诉阶段：虽然此阶段主要由人民检察院负责，但检察院的审查是基于公安机关移送的案件材料。如果检察院在审查过程中发现需要进一步调查的事项，也可能会要求公安机关补充侦查。不过，直接的调查工作仍主要由公安机关在侦查阶段完成。
- 审判阶段：此阶段主要由人民法院负责审理案件，控辩双方在法庭上进行举证、质证和辩论。法院根据查明的事实和相关法律规定，对被告人是否构成挪用资金罪及应判处的刑罚作出判决。但审判阶段并不涉及对挪用资金行为的直接调查。
特殊情形的处理
- 对于国有公司、企业或其他国有单位中从事公务的人员，以及国有单位委派到非国有单位从事公务的人员犯挪用资金罪的，虽然将依照《中华人民共和国刑法》第三百八十四条关于挪用公款罪的规定定罪处罚，但这类案件的管辖机关仍然是公安机关。公安机关会按照相应的法律程序进行调查和处理。
法律建议：
- 如果你或你所在的公司发现有人挪用资金，应及时向当地公安机关报案，并配合公安机关的调查工作。
- 在报案时，应提供尽可能详细的证据材料，如账目凭证、证人证言等，以便公安机关能够迅速开展调查工作。
- 在整个案件处理过程中，应保持与公安机关、人民检察院和人民法院的沟通联系，及时了解案件进展情况，并依法维护自己的合法权益。
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