结论：是否开具发票取决于甲方扣除安全文明费的具体性质和双方约定，需分情况讨论。以下是具体分析：

1. 若安全文明费属于工程款的一部分
   根据《中华人民共和国发票管理办法》第十九条，销售商品、提供服务或从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项时，应向付款方开具发票。若甲方扣除的安全文明费本质上是工程款的一部分（例如因乙方未达标而扣减的款项），则甲方仍需就实际支付的金额开具发票，但发票金额应为扣除后的实付金额。若乙方已全额开具发票，甲方可要求乙方开具红字发票冲减部分金额，或由双方协商处理。

2. 若安全文明费属于违约金或罚款性质
   若扣除的费用是因乙方违反安全文明施工规定而产生的违约金或罚款（例如未佩戴安全帽、现场杂乱等），根据《民法典》第五百八十五条，违约金是合同一方因违约向对方支付的赔偿金。此时，甲方无需就违约金部分开具发票，但需注意：

   • 双方应在合同中明确约定违约金条款及扣除方式；
     
   • 乙方若需税前扣除违约金支出，需留存合同、扣款通知等证明材料；
     
   • 若违约金被税务机关认定为“价外费用”，则可能需补开发票（但实践中违约金通常不视为价外费用）。

3. 若安全文明费属于代收代付性质
   若甲方扣除的费用是代第三方收取的（例如代政府收取的安全文明施工押金），则甲方需向乙方提供第三方出具的收据或证明文件，而非自行开具发票。此时乙方可凭第三方凭证入账。

建议行动：

• 核对合同中关于安全文明费的条款，明确费用性质（工程款、违约金还是代收代付）；
  
• 若甲方拒绝开具发票且费用属于应税范围，可向当地税务机关举报（税务热线12366）；
  
• 保留扣款通知、合同、沟通记录等证据，以备后续维权。
  

如有进一步细节（如合同条款、扣款原因等），可随时补充说明，我会为您细化分析。