结论前置：关于您提出的“当初没有结婚证，有孩子，孩子的抚养协议写了一下，在法院是否有效”的问题，这主要取决于抚养协议的具体内容以及是否符合法律规定。一般来说，如果抚养协议是双方真实意思表示，且内容合法，不损害子女利益，那么该协议在法院是有效的。但具体情况还需进一步分析。
一、抚养协议的有效性条件
双方真实意思表示：抚养协议必须是双方（即父母双方）在平等、自愿的基础上达成的真实意思表示，不能存在欺诈、胁迫等情形。
内容合法：抚养协议的内容必须符合法律法规的规定，不能违反公序良俗，也不能损害子女的合法权益。例如，协议中不能约定剥夺子女的受教育权、医疗权等基本权利。
不损害子女利益：抚养协议应当以子女的利益为出发点和归宿，确保子女在成长过程中得到充分的关爱和照顾。如果协议内容明显不利于子女的成长和发展，法院可能会认定其无效。
二、抚养协议在法院的效力
作为证据使用：在涉及子女抚养权的纠纷中，抚养协议可以作为双方协商结果的证据提交给法院。法院在审理案件时，会综合考虑双方的实际情况、子女的利益以及抚养协议的内容等因素，作出公正的裁决。
具有法律约束力：如果抚养协议符合上述有效性条件，且双方已经按照协议履行了相关义务，那么该协议对双方具有法律约束力。如果一方违反协议约定，另一方可以依法向法院提起诉讼，要求对方承担违约责任。
三、特殊情况下的处理
未办理结婚登记的情况：由于您提到当初没有结婚证，这意味着双方并未建立法律上的婚姻关系。在这种情况下，子女的抚养问题仍然需要按照法律法规的规定进行处理。抚养协议作为双方协商的结果，只要符合上述有效性条件，仍然可以在法院得到认可。
协议变更或撤销：如果双方在协议履行过程中出现争议或需要变更协议内容，可以通过协商、调解或诉讼等方式解决。如果一方认为协议存在欺诈、胁迫等情形，或者协议内容明显不利于子女的成长和发展，也可以依法向法院申请变更或撤销协议。
四、建议
完善协议内容：为了确保抚养协议在法院的有效性，建议您在签订协议时明确双方的权利和义务、子女的抚养方式、教育费用承担等具体内容，并尽量做到详细、具体、可操作。
咨询专业律师：由于抚养协议涉及子女的切身利益和双方的合法权益，建议您在签订协议前咨询专业律师的意见，确保协议内容合法、有效且符合子女的利益。
保留相关证据：在协议履行过程中，建议您保留好相关证据（如转账记录、收据、照片、视频等），以便在发生争议时能够证明自己的主张。
如果您在抚养协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。