针对您提出的“起诉离婚时电子结婚证查不到原件怎么办”的问题，这确实是一个在办理离婚手续时可能会遇到的实际困扰。以下是我为您提供的详细解答和建议：
首先，需要明确的是，电子结婚证虽然具有便捷性，但在某些法律程序中，如起诉离婚，可能仍需要提供结婚证的原件或经过认证的复印件作为法律证据。如果您无法通过电子渠道（如北京市政务服务网或“京通”小程序）查看到电子结婚证的原件，这可能是由于系统更新、数据迁移或技术故障等原因造成的。
针对这种情况，我建议您采取以下步骤：
尝试其他查询方式：
- 除了电子渠道，您还可以尝试前往原婚姻登记机关，即您当初办理结婚登记的地方，查询并获取结婚证的原件或复印件。
- 如果原婚姻登记机关无法提供，他们可能会出具一份证明您何年何月何日办理过结婚登记的说明材料，这也是有效的法律证据。
准备其他婚姻关系证据：
- 根据《婚姻登记工作规范》第六十八条的规定，如果结婚登记档案查找不到，您可以向婚姻登记机关提交至少两项婚姻关系证据的材料。
- 这些材料可以包括：户口簿上夫妻关系的记载、加盖单位印章的记载夫妻关系的人事档案复印件及单位证明材料、村（居）民委员会主动出具的婚姻关系凭证材料、两名近亲属作出的当事人为夫妻关系的声明等。
咨询法律专业人士：
- 在准备这些材料的过程中，如果您遇到任何疑问或困难，我建议您咨询一位专业的律师或法律顾问。
- 他们可以根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议和指导。
提交材料并等待审查：
- 一旦您准备好了所有必要的材料，就可以将它们提交给婚姻登记机关或法院进行审查。
- 婚姻登记机关或法院会严格审查这些材料，并根据审查结果决定是否为您补发结婚证或进行离婚登记。
最后，我想强调的是：
- 在处理这类法律问题时，保持耐心和细心是非常重要的。确保您提供的所有材料都是真实、准确、完整的，这将有助于加快处理进程并减少不必要的麻烦。
- 如果您在查询或准备材料过程中遇到任何技术问题或困难，不要犹豫，及时寻求帮助和支持。
希望以上解答和建议能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。