招标代理公司使用分公司收款是否合法，需分情况讨论：
分公司具备独立收款权限且符合公司规定
- 若招标代理公司的分公司已经依法设立，并取得了独立的营业执照，且在公司内部管理制度中明确允许分公司以自身名义进行收款操作，那么分公司收款是合法的。这种情况下，分公司作为总公司的分支机构，其民事责任由总公司承担，但分公司有权在其经营范围内进行民事活动，包括收款。
分公司不具备独立收款权限或违反公司规定
- 如果分公司未经总公司授权或违反公司内部管理制度，擅自以自身名义进行收款，那么这种行为可能构成违规。虽然分公司的民事责任最终由总公司承担，但违规收款可能引发内部管理纠纷，甚至可能涉及外部法律责任，如合同违约、税务问题等。
收款行为需符合相关法律法规
- 无论分公司是否具备独立收款权限，其收款行为都必须符合相关法律法规的规定。例如，收款必须基于合法的合同或协议，不得存在欺诈、胁迫等违法行为；收款金额必须真实、准确，不得虚报、瞒报；收款方式必须合法，不得使用非法手段进行收款等。
法律建议：
- 对于招标代理公司而言，应明确分公司的权限和职责，制定完善的内部管理制度，确保分公司的收款行为合法合规。
- 对于委托方而言，在与招标代理公司签订合同时，应明确约定收款方式、收款账户等关键条款，以避免因收款问题引发纠纷。
- 如果发现分公司存在违规收款行为，应及时与总公司沟通并寻求解决方案，必要时可寻求法律途径维护自身权益。
可能法律后果：
- 如果分公司违规收款导致合同无法履行或造成损失，委托方有权要求招标代理公司承担违约责任或赔偿责任。
- 如果分公司收款行为涉嫌违法犯罪，如诈骗、逃税等，将依法追究相关责任人的法律责任。
如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。