交通运输部门扣押车辆的依据主要来源于《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关配套规定，具体包括因收集交通事故证据需要、因道路交通安全违法行为以及因车辆达到报废标准等情形。以下是对这些情形的详细解释：
因收集交通事故证据需要扣留车辆
- 法律依据：根据《道路交通事故处理程序规定》第三十九条以及《中华人民共和国道路交通安全法》第七十二条，因收集证据的需要，公安机关交通管理部门可以扣留事故车辆，并开具行政强制措施凭证。扣留的车辆应当妥善保管，以备核查。
- 相关规定：公安机关交通管理部门不得扣留事故车辆所载货物，应通知机动车驾驶人或货物所有人自行处理。无法通知或当事人不处理的，按相关规定办理。扣留车辆发生的费用由公安机关交通管理部门承担，但通知领取后逾期未领取的停车费由当事人承担。经通知三十日后不领取的车辆，公告三个月仍不领取的，依法处理扣留车辆。
因道路交通安全违法行为扣留车辆
- 未悬挂或未放置相关标志、证件：依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十五条，上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌、未放置检验合格标志、保险标志，或未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应扣留机动车，并通知当事人提供相应牌证、标志或补办手续。
- 伪造、变造或使用伪造、变造的车辆证件：依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条，伪造、变造或使用伪造、变造的机动车登记证书、号牌、行驶证、驾驶证，或使用其他车辆的机动车登记证书、号牌、行驶证、检验合格标志、保险标志的，公安机关交通管理部门应予收缴，扣留该机动车，并处以罚款或拘留。构成犯罪的，依法追究刑事责任。
- 未投保机动车第三者责任强制保险：依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十八条，机动车所有人、管理人未按国家规定投保机动车第三者责任强制保险的，公安机关交通管理部门应扣留车辆至依照规定投保后，并处以罚款。
因车辆达到报废标准扣留车辆
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第一百条，驾驶拼装的机动车或已达到报废标准的机动车上道路行驶的，公安机关交通管理部门应予收缴，强制报废，并对驾驶人处以罚款和吊销机动车驾驶证。
扣押车辆的时限：
- 因收集证据需要的扣押：根据《道路交通事故处理程序规定》，交警部门为收集证据而扣留事故车辆的期限一般不超过30日。若案情重大、复杂，经上一级公安机关交通管理部门批准，可延长30日。
- 因检验、鉴定需要的扣押：若需进行检验、鉴定，公安机关交通管理部门应在事故现场调查结束后三日内委托有资质的机构进行。检验、鉴定完成期限通常不得超过二十日，特殊情况下可延长十日。此时，扣车时间将涵盖检验、鉴定所需时间。
- 其他情形的扣押：对于非事故类交通违法行为的车辆扣押，如未悬挂号牌、未放置检验合格标志等，扣押时限通常由具体执法行为的规定确定。
在实际操作中，交通运输部门会根据具体情况和法律规定来决定是否扣留车辆，并确保扣留过程的合法性和正当性。当事人在面对车辆被扣留的情况时，也应了解相关法律知识，积极配合交通运输部门的工作，并依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。