在处理主犯逃逸而从犯在案的刑事案件时，司法机关会依据我国《刑法》及相关法律规定，结合案件具体情况，对从犯进行独立且公正的处理。以下是对此问题的详细解答：

一、从犯的认定与刑事责任原则

根据《中华人民共和国刑法》第二十七条，共同犯罪中起次要或辅助作用者被视为从犯。这一认定不受主犯是否在逃的影响，而是基于从犯在共同犯罪中的具体行为和作用。对于从犯，法律明确规定应当从轻、减轻处罚或者免除处罚，这体现了罪责相适应的原则，即根据犯罪行为的性质、情节和社会危害程度，对犯罪人给予相应的刑罚。

二、主犯逃逸对从犯处理的影响及流程

1. 侦查阶段：

   • 公安机关会独立侦查从犯的犯罪事实，收集各类证据，如证人证言、物证、书证、视听资料等，以充分证明从犯的犯罪行为和参与程度。
   • 即便主犯未归案，只要证据充分，公安机关仍会推进侦查工作，确保从犯的罪责得到认定。

2. 审查起诉阶段：

   • 人民检察院会审查案件，若认为证据确凿、犯罪事实清楚，即使主犯在逃，也会对从犯提起公诉。
   • 起诉书会明确指控从犯的罪名和犯罪事实，并区分主从犯的责任，提出适当的量刑建议。

3. 审判阶段：

   • 法院会对从犯进行独立审判，保障其诉讼权利，如辩护权、申请回避权等。
   • 在量刑时，法院会考虑从犯在共同犯罪中的地位、作用及法定从轻、减轻情节，依法作出判决。

三、特殊情况处理

• 主犯持续在逃：若主犯长时间未到案，法院可先行对从犯判刑。判决将基于从犯的实际作用和情节，确保司法公正与效率。
• 从犯的配合与量刑：在处理过程中，若从犯能如实供述主犯的行踪、联系方式等关键信息，协助公安机关开展追逃行动，这可作为酌定量刑情节予以考虑，可能对其量刑产生积极影响。

四、总结与建议

主犯逃逸并不影响对从犯的独立处理和定罪量刑。司法机关会严格遵循法律程序和规定，确保从犯的罪责得到公正认定和处理。对于从犯而言，积极配合司法机关的工作，如实供述犯罪事实，提供主犯的相关信息，不仅有助于案件的侦破和审判，也可能对其自身的量刑产生积极影响。同时，从犯也应了解自己的法律权益，如辩护权等，并在处理过程中积极行使这些权利。