分公司要注销而总公司不配合时，可采取以下综合策略来应对：

1. 了解原因并尝试内部沟通协商

   • 主动沟通：首先，尝试与总公司相关负责人进行深入沟通，了解其不配合的具体原因。可能的原因包括但不限于对注销流程不熟悉、存在资产处置或人员安排上的顾虑，或是内部流程上的障碍。
   • 提出方案：针对总公司的顾虑，提出具体可行的解决方案。例如，如果总公司担心资产处置问题，可以制定详细的资产清算计划；如果担心人员安置，可以提出员工安置方案等。通过这些方案，消除总公司的疑虑，争取其支持。

2. 明确决策权与内部治理

   • 查阅公司章程：仔细审查公司章程及内部规定，明确分公司注销的决策权归属及所需遵循的程序。这有助于确定在总公司不配合的情况下，如何通过内部治理机制来推动注销工作。
   • 内部申诉：若总公司不予配合，可向董事会、监事会或其他相关决策机构提交详细的注销报告和理由。通过内部治理机制，如召开股东会或董事会会议，形成决议要求总公司配合注销工作。

3. 收集证据并考虑法律途径

   • 证据收集：全面收集分公司注销的必要性证明、与总公司的沟通记录、公司章程及相关文件等。这些证据将用于支持后续的法律行动，确保注销程序的合法性和必要性。
   • 律师函警告：委托律师向总公司发送律师函，明确注销的依据、要求及可能的法律后果。律师函具有正式性和法律效力，能够促使总公司重视并配合注销工作。
   • 提起诉讼或仲裁：若律师函无效，可考虑向有管辖权的人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，提供充分证据证明注销的合法性和必要性，以及总公司的不配合事实。法院或仲裁机构将依法作出裁决，要求总公司配合注销工作。

4. 考虑强制注销与行政协助

   • 申请强制注销：在符合法定条件的情况下，可以向工商行政管理部门申请强制注销分公司。这通常需要提交相关申请材料，如注销决定、清算报告等。工商部门将进行调查核实，并依法处理。
   • 寻求行政协助：可向行业监管部门或相关政府机构反映情况，寻求其协调和支持。这些机构可能具有行政权力，能够促使总公司配合注销工作。

5. 注意事项与善后处理

   • 合法合规：在整个注销过程中，务必遵守法律法规及公司章程的规定。确保注销程序的合法性，避免引发新的法律纠纷。
   • 善后处理：妥善处理分公司的善后事宜，包括员工安置、债务清偿、资产清算等。这些工作对于维护公司形象、避免未来法律纠纷具有重要意义。

在处理此类问题时，还需注意以下几点：

• 保持冷静与理性：面对总公司的不配合，保持冷静和理性至关重要。避免情绪化的决策和行动，以免加剧矛盾或引发不必要的法律纠纷。
• 注重证据收集与保存：证据是支持法律行动的关键。在沟通过程中，务必注重证据的收集和保存。这包括书面沟通记录、电子邮件、会议纪要等。
• 及时寻求专业帮助：鉴于问题的复杂性，建议及时向我咨询。作为专业律师，我将能够提供具体的法律意见和解决方案，确保问题得到专业、高效的解决。

综上所述，分公司要注销而总公司不配合时，可通过内部沟通协商、明确决策权与内部治理、收集证据并考虑法律途径、考虑强制注销与行政协助以及注意善后处理等多方面来应对。在整个过程中，保持冷静与理性、注重证据收集与保存以及及时寻求专业帮助是解决问题的关键。