结论：劳动合同专用章、人事专用章、部门印章等是否需要备案以及未备案是否可使用，需分情况讨论，具体如下：
关于印章备案的法律规定
- 公章备案要求：根据《国务院关于国家行政机关和企业事业单位社会团体印章管理的规定》，单位公章（包括公司公章、合同专用章、财务专用章等涉及单位对外权利义务的印章）必须到公安机关办理备案手续。这是为了确保印章的合法性和安全性，防止印章被伪造或滥用。
- 非公章备案情况：对于人事专用章、部门印章等，法律并未明确规定必须备案。这些印章通常用于单位内部管理，如人事调动、部门文件签发等，不直接涉及单位对外权利义务。
未备案印章的使用效力
- 公章未备案：如果劳动合同专用章等涉及单位对外权利义务的印章未备案，其法律效力可能受到质疑。在劳动争议或合同纠纷中，对方可能主张印章无效，从而影响合同的履行或责任的承担。
- 非公章未备案：对于人事专用章、部门印章等未备案的印章，只要其使用符合单位内部规定，且未违反法律法规的强制性规定，通常仍具有内部效力。然而，在对外使用时，如用于签订合同或出具证明等，可能因缺乏备案而面临法律效力上的挑战。
法律建议
- 备案建议：为了确保印章的合法性和安全性，避免潜在的法律风险，建议单位对所有涉及对外权利义务的印章（包括劳动合同专用章）进行备案。对于人事专用章、部门印章等，虽然法律未明确要求备案，但单位也可以根据自身需要选择备案，以增强印章的权威性和可信度。
- 使用规范：无论印章是否备案，单位都应建立严格的印章管理制度，明确印章的使用范围、审批程序和保管责任。在使用印章时，应确保印章的真实性和合法性，避免使用伪造或滥用的印章。
- 风险防范：如果单位发现印章被伪造或滥用，应立即向公安机关报案，并采取措施防止损失扩大。同时，单位还应加强内部管理，提高员工的法律意识和风险防范能力。
举例说明：假设某公司使用未备案的劳动合同专用章与员工签订劳动合同，后来因劳动报酬问题发生争议。在仲裁或诉讼过程中，员工可能主张该印章无效，从而要求公司承担未签订书面劳动合同的法律责任（如支付双倍工资）。如果公司能够证明该印章虽未备案但确为公司所有且用于正常业务活动，且员工在签订合同时已知悉该情况，则该印章可能仍被认定为有效。然而，为了避免此类争议和风险，公司最好还是对劳动合同专用章进行备案。
进一步思考：印章备案不仅关乎印章的合法性和安全性，还涉及单位的管理效率和风险防范能力。因此，单位应高度重视印章管理工作，建立完善的印章管理制度和流程，确保印章的合法、安全、有效使用。如果有任何关于印章管理或劳动纠纷的法律问题，可以直接向我咨询。