结论：二楼在屋顶种花是否合法，需视具体情况而定，主要取决于屋顶的权属、小区规划以及是否侵犯他人权益等因素。以下从不同角度进行分析：

1. 屋顶权属角度：

   • 若屋顶属于公共区域，即全体业主共有，那么二楼业主在屋顶种花可能涉及对公共区域的占用和使用。根据《民法典》的相关规定，业主对共有部分享有共有和共同管理的权利，但使用时应遵循合理、不损害他人利益的原则。若二楼业主的种花行为未得到其他业主的同意，且可能对屋顶结构、防水等造成损害，或影响其他业主的正常使用，则可能构成侵权，是不合法的。
   • 若屋顶属于二楼业主的专有部分（这种情况较为少见，通常屋顶属于公共区域），那么二楼业主在屋顶种花则属于对其专有部分的合理使用，一般无需经过其他业主同意，但同样需确保不损害房屋结构、防水等，且不影响相邻业主的通风、采光等权益。

2. 小区规划角度：

   • 小区规划通常会对屋顶的使用有明确规定，如是否允许搭建、种植等。若小区规划明确禁止在屋顶种植，那么二楼业主的种花行为则违反了小区规划，是不合法的。
   • 若小区规划未明确禁止，但二楼业主的种花行为改变了屋顶的原状，且未经过小区物业或业主委员会的同意，也可能构成违规，面临被要求整改的风险。

3. 侵犯他人权益角度：

   • 无论屋顶权属如何，二楼业主在屋顶种花都需确保不侵犯其他业主的合法权益。如种花行为导致屋顶漏水、影响相邻业主的通风、采光等，都可能构成侵权，需承担相应的法律责任。
   • 若一楼业主将小院改建成了小屋，且该改建行为本身未经相关部门批准或违反了小区规划，那么一楼业主的行为也可能构成违法。但这一行为并不直接影响二楼业主在屋顶种花的合法性，除非二楼业主的种花行为与一楼业主的改建行为存在直接关联或相互影响。

建议：

• 二楼业主在屋顶种花前，应先了解屋顶的权属情况、小区规划以及是否可能侵犯他人权益。
• 若屋顶属于公共区域或小区规划有明确规定，建议先与小区物业或业主委员会沟通，获得同意后再进行种植。
• 种植过程中，应确保不损害房屋结构、防水等，且不影响相邻业主的通风、采光等权益。
• 若因种花行为引发纠纷，建议及时与相关方协商解决，或寻求法律途径维护自身权益。

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