软件侵权一般由市场监督管理部门（原工商行政管理部门）查处，若涉及刑事犯罪，则由公安机关负责侦查。以下是对这一问题的详细分析：
一、市场监督管理部门查处软件侵权
法律依据：
- 根据《中华人民共和国商标法》、《中华人民共和国著作权法》以及《中华人民共和国反不正当竞争法》等相关法律法规，市场监督管理部门有权对侵犯知识产权（包括软件著作权）的行为进行查处。
查处范围：
- 市场监督管理部门主要查处那些未经软件著作权人许可，擅自复制、发行、出租、通过信息网络向公众传播其软件作品，或者故意避开或者破坏技术措施等侵犯软件著作权的行为。
查处程序：
- 市场监督管理部门在接到举报或发现侵权行为后，会进行调查取证，确认侵权事实后，会依法对侵权人作出行政处罚，如罚款、没收违法所得、没收侵权复制品等。
二、公安机关查处软件侵权（涉及刑事犯罪）
法律依据：
- 当软件侵权行为构成犯罪时，如侵犯著作权罪，公安机关将依据《中华人民共和国刑法》的相关规定进行侦查。
侦查范围：
- 公安机关主要侦查那些以营利为目的，未经著作权人许可，复制发行其文字作品、音乐、电影、电视、录像作品、计算机软件及有许可权的他人作品，违法所得数额较大或者有其他严重情节的行为。
侦查程序：
- 公安机关在接到报案或发现犯罪线索后，会进行立案侦查，收集证据，确认犯罪事实后，会将案件移送检察机关审查起诉。
三、其他相关部门的职责
- 版权局：虽然版权局不直接查处软件侵权，但它负责软件著作权的登记、管理等工作，可以为权利人提供版权保护方面的咨询和服务。
- 海关：对于进出口环节中的软件侵权行为，海关有权进行查处，防止侵权软件产品进出境。
四、建议与提醒
- 及时举报：如果您发现软件侵权行为，可以向当地的市场监督管理部门或公安机关举报，提供相关证据，以便他们及时查处。
- 保护证据：在举报前，建议您先收集并保存好相关证据，如侵权软件的复制件、传播记录、交易凭证等，以便在查处过程中提供有力支持。
- 咨询专业律师：在处理软件侵权问题时，如果您遇到法律难题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，软件侵权的查处涉及多个部门，具体由哪个部门查处取决于侵权行为的性质和严重程度。如果您遇到软件侵权问题，建议根据实际情况选择合适的举报途径，并及时咨询专业律师以维护自己的合法权益。