结论前置：员工在持有合法医生开具的病假条且遵循单位请假流程的情况下，一般不应被扣工资，单位应支付病假工资或疾病救济费，且该费用通常不得低于当地最低工资标准的80%。不过，具体是否扣工资还需考虑单位规章制度、劳动合同约定以及病假是否超出法定医疗期等因素。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与病假工资支付原则
法律依据：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，员工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且该费用不得低于当地最低工资标准的80%。
支付原则：
- 病假工资或疾病救济费不得低于当地最低工资标准的80%，这是法律规定的底线。
- 具体支付标准可能还与员工的工龄、劳动合同约定以及单位规章制度有关。例如，有的地区或单位可能规定，工作年限越长，病假工资的比例越高。
二、单位规章制度与劳动合同的影响
单位规章制度：
- 单位可能制定了具体的病假工资支付规定，这些规定在不违反法律法规的前提下，对员工具有约束力。
- 员工在入职时应仔细阅读单位规章制度，了解病假工资的具体支付方式和标准。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与单位之间的重要法律文件，其中可能包含病假工资的支付条款。
- 如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律法规，那么应按照劳动合同执行。
三、特殊情况下的处理
未遵循单位请假流程：
- 如果员工虽然持有病假条，但未按照单位规章制度规定的流程请假（如未提前申请、未及时提交病假条等），单位可能会根据规章制度进行处理，包括扣除一定工资。
- 不过，单位的规章制度必须符合法律规定，且需通过民主程序制定并向员工公示。
病假条问题：
- 如果病假条被证实是伪造的、不真实的，或者医生不具备开具病假条的资质，单位核实情况后，有权不支付病假工资，并可能根据公司规章制度和法律规定对员工进行处罚，甚至解除劳动合同。
超出法定医疗期：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，员工的医疗期根据其实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，为3个月到24个月不等。
- 如果员工病假时间超过法定医疗期，且不能从事原工作或由用人单位另行安排的工作，单位可以解除劳动合同。在医疗期满后的病假期间，单位支付的待遇可能会降低甚至停止支付工资。
四、建议与措施
保留证据：
- 员工在请病假时，应妥善保管好医院出具的病假证明和其他相关材料，以备不时之需。
及时沟通：
- 员工在请病假前，最好与单位的人力资源部门或上级领导进行沟通，了解单位的病假制度和流程，确保自己按照规定请假。
维护权益：
- 如果单位违反规定克扣病假期间工资，员工可以首先尝试与单位协商解决；协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求单位支付克扣的工资及相应的经济补偿。
总结与提醒：员工在病假期间应享有相应的工资待遇，单位不得随意克扣。不过，具体是否扣工资还需考虑单位规章制度、劳动合同约定以及病假是否超出法定医疗期等因素。因此，员工在请病假时，应确保提供合法有效的病假条，并严格按照单位规定的流程请假。同时，建议员工在入职时就仔细阅读劳动合同和单位的人事政策，了解病假工资的具体约定。如有任何疑问或争议，可直接向我咨询。