在正式合同中备注有附件协议，通常可以通过以下方式明确标注，以确保附件协议成为合同不可分割的一部分，并具备相应的法律效力：

1. 在合同正文明确提及附件：

   • 在合同的正文部分，应明确提及存在附件协议，并简要描述附件的内容或目的。例如：“本合同附有《XXX协议》作为附件，该附件与本合同具有同等法律效力。”
   • 这样的表述能够清晰地告知合同双方，附件协议是合同的一部分，必须一并阅读和遵守。

2. 在合同结尾处列出附件清单：

   • 在合同的结尾部分，可以列出一个附件清单，详细列出所有附件的名称、编号（如有）以及对应的页码或位置。
   • 清单应明确标注每个附件与合同的关系，例如：“附件一：《XXX协议》，共X页，作为本合同不可分割的一部分。”

3. 在附件协议上注明与主合同的关系：

   • 除了在主合同中提及附件外，还应在附件协议本身上注明其与主合同的关系。例如，在附件协议的开头或结尾部分写明：“本协议作为《XXX合同》的附件，与主合同具有同等法律效力。”
   • 这样的标注能够进一步强化附件协议的法律地位，确保其在合同执行过程中的有效性。

4. 确保附件协议的签署和盖章：

   • 附件协议应与主合同一样，由合同双方签署并盖章（如需）。签署和盖章是合同生效的重要条件，也是证明合同双方对附件协议内容认可和接受的重要方式。
   • 如果附件协议涉及多方当事人，应确保所有相关方都签署并盖章，以体现其共同意愿和承诺。

5. 在合同中约定附件的修改和补充方式：

   • 为了应对未来可能出现的情况变化，可以在合同中约定附件协议的修改和补充方式。例如，可以规定：“本合同的附件协议可根据双方协商一致进行修改或补充，修改或补充后的附件协议应作为本合同的新附件，与原附件具有同等法律效力。”
   • 这样的约定能够为合同的灵活执行提供法律保障，减少因附件协议变更而引发的纠纷。