结论：驾校退款扣1000元违约金是否合理，需结合具体情况判断，包括合同约定、违约情形、违约金比例合理性及实际损失等因素。以下从不同角度详细分析：

一、合同约定角度

1. 违约金条款的效力
   若驾校与学员签订的合同中明确约定了退款违约金条款（如“学员中途退学需支付1000元违约金”），且该条款不违反法律强制性规定（如《民法典》第497条关于格式条款无效的情形），则该条款对双方具有约束力。此时，驾校扣除1000元违约金具有合同依据。

2. 格式条款的提示义务
   若违约金条款属于驾校预先拟定的格式条款，驾校需在签订合同时以显著方式提示学员注意（如加粗、加黑或单独说明），否则学员可主张该条款不成为合同内容（《民法典》第496条）。若驾校未履行提示义务，扣除违约金可能被认定为不合理。

二、违约情形与实际损失角度

1. 学员违约情形

   • 若学员因个人原因（如时间冲突、放弃学车）单方面解除合同，且驾校已为学员提供部分服务（如报名、安排教练等），驾校可主张扣除实际损失后的违约金。
     
   • 若学员因驾校违约（如未按约定安排培训、教练资质不符）要求解除合同，则驾校无权扣除违约金，甚至需赔偿学员损失。

2. 违约金比例的合理性
   根据《民法典》第585条，违约金需以实际损失为基础，不得过分高于或低于损失。若驾校扣除的1000元违约金显著高于其实际损失（如报名费、管理费等实际支出），学员可请求法院或仲裁机构予以减少。
   示例计算：

   • 假设驾校实际损失为300元（报名费+管理费），则1000元违约金可能被认定为过高，法院可能调整至300-500元。
     
   • 若驾校未提供任何服务且无实际损失，扣除1000元违约金可能被认定为不合理。

三、法律程序与救济途径

1. 协商解决
   学员可先与驾校协商，要求说明扣除1000元的具体依据（如合同条款、实际损失清单），并争取减少违约金金额。

2. 投诉或诉讼

   • 若协商无果，学员可向当地消费者协会投诉，或向市场监管部门举报驾校违规收费。
     
   • 学员也可直接向法院起诉，要求驾校返还多扣的违约金，并提交合同、缴费凭证、沟通记录等证据。

四、特殊情形提示

1. 未签订书面合同
   若双方未签订书面合同，但通过口头约定或实际履行形成合同关系，学员仍可主张驾校扣除违约金无依据，需由驾校举证证明实际损失。

2. 驾校违规经营
   若驾校存在无资质经营、虚假宣传等违法行为，学员可主张合同无效，并要求全额退款。

建议：

1. 核查合同条款：优先查看合同中关于退款和违约金的约定，确认是否明确、合法。
   
2. 固定证据：保留缴费凭证、合同、沟通记录等，以备维权使用。
   
3. 理性维权：根据实际损失和合同约定，与驾校协商或通过法律途径解决，避免情绪化冲突。
   

如有进一步疑问或需具体法律分析，可直接向我咨询。