开除公司员工程序流程是一个涉及法律、公司规章制度以及员工权益保护的重要环节。以下是一个清晰、详细、有深度的解答，旨在帮助您全面了解这一流程：

一、开除员工的前提条件

1. 合法依据：公司开除员工必须有合法的依据，这通常包括员工严重违反公司规章制度、严重失职或营私舞弊给公司造成重大损害、被依法追究刑事责任等情形。在开除员工前，公司应确保有充分的证据支持其决定。

2. 规章制度：公司的规章制度应经过民主程序制定，并向员工公示。规章制度中应明确规定哪些行为属于严重违反公司规定，以及相应的处罚措施。这是开除员工的重要法律依据。

二、开除员工的程序流程

1. 调查与取证：

   • 在决定开除员工前，公司应进行充分的调查，收集相关证据，以证明员工存在严重违反公司规章制度或失职等行为。
   • 调查过程应公正、透明，确保员工的合法权益不受侵害。

2. 通知与听证：

   • 在决定开除员工前，公司应向员工发出书面通知，说明开除的原因、依据和日期。
   • 如果可能，公司应给予员工听证的机会，让员工有机会陈述自己的意见和申辩。

3. 审批与决定：

   • 开除员工的决定通常需要经过公司高层或相关部门的审批。
   • 审批过程中，应确保决定的合法性和合理性，避免滥用职权或侵犯员工权益。

4. 执行与通知：

   • 一旦决定开除员工，公司应立即执行，并通知员工办理离职手续。
   • 公司应确保员工在离职前结清工资、奖金等福利待遇，并办理好工作交接和资产归还等手续。

5. 备案与记录：

   • 公司应将开除员工的决定和相关证据进行备案，以备后续查询和审计。
   • 同时，公司应记录开除员工的原因、过程和结果，以便总结经验教训，改进管理。

三、注意事项

1. 遵守法律法规：公司在开除员工时，必须严格遵守国家法律法规和劳动法规的规定，确保程序的合法性和正当性。

2. 保护员工权益：在开除员工过程中，公司应尊重员工的合法权益，避免侵犯员工的人格尊严和隐私权等。

3. 避免滥用职权：公司应确保开除员工的决定是基于合法、合理的依据，避免滥用职权或进行不公正的处罚。

4. 及时沟通与反馈：在开除员工过程中，公司应与员工保持及时沟通，解释开除的原因和依据，并听取员工的意见和申辩。这有助于减少纠纷和矛盾，维护公司的形象和声誉。

四、案例分析

以您提供的案例为例，公司因员工“无故旷工、违反公司规章制度”而解除劳动关系，但最终被法院认定为违法解除。这主要是因为公司未能提供充分证据证明员工存在旷工行为，且未能证明员工管理条例已经民主程序制定且向员工公示。这提醒我们，在开除员工时，公司必须确保有充分的证据和合法的依据，否则可能面临法律风险和赔偿。

综上所述，开除公司员工程序流程是一个复杂而重要的环节。公司应严格遵守法律法规和公司规章制度的规定，确保程序的合法性和正当性，同时保护员工的合法权益，避免滥用职权和不公正的处罚。